As transações de comércio eletrônico podem ser tratadas de várias maneiras diferentes. Algumas opções são idênticas às usadas por lojas de varejo regulares e outras exclusivas de compras on-line. A maneira como o varejista on-line escolhe lidar com transações é totalmente a seu critério, embora as necessidades e preferências do cliente normalmente desempenhem um papel importante em quais opções de transação são oferecidas. As opções populares de transações de comércio eletrônico incluem cartões de crédito, cartões de débito, cheques eletrônicos, cartões-presente, serviços de pagamento online e planos de pagamento diferido. Algumas empresas on-line ainda aceitam cheques pessoais e cheques bancários, mas essas opções estão diminuindo, pois custam tempo e dinheiro ao varejista para processar e têm mais chances de falha do que outras opções de pagamento.
A falta de uma pessoa real envolvida em transações de comércio eletrônico deixa muitas pessoas apreensivas com essa forma de comércio. Nos primeiros dias do comércio eletrônico, havia muitas histórias de terror sobre números de cartões de crédito roubados, roubo de identidade e roubo total por parte de varejistas on-line sem escrúpulos e muitas vezes totalmente fraudulentos. Como as vendas on-line eram tão novas, as opções de segurança eram limitadas e a confiança cega costumava ser a única opção oferecida aos consumidores dispostos a comprar em um site.
A comunidade comercial on-line de hoje oferece transações de comércio eletrônico com uma infinidade de recursos de segurança integrados. Os números dos cartões bancários são criptografados para impedir o roubo e as informações pessoais são armazenadas com segurança por meio de técnicas semelhantes. Um número significativo de empresas fornece segurança de terceiros a sites de varejo e garante reembolso a varejistas e consumidores caso seus sistemas falhem.
Além de aceitar os principais cartões de crédito e débito, muitos sites de comércio na Internet oferecem outras opções de transação para seus clientes. Os cheques eletrônicos são populares em alguns sites de negócios de comércio eletrônico, apesar de custarem aos comerciantes custos adicionais de processamento, além das cobranças que ela deve pagar para processar as vendas de cartões de crédito e débito. Para pagar com cheque eletrônico, um cheque físico é gerado pelo vendedor usando as informações bancárias fornecidas pelo comprador e o cheque é depositado na conta bancária do vendedor como um contra-cheque comum.
Pagamentos atrasados são outra opção preferida por alguns consumidores. Essa opção permite que o comprador receba um serviço ou produto antes de pagá-lo, fornecendo ao vendedor informações da conta bancária ou um número da conta do cartão de crédito ou débito a ser cobrado em uma data ou datas posteriores, se os termos preverem vários pagamentos. Esse método geralmente envolve uma taxa de serviço pagável ao vendedor no início da transação.
Alguns sites de comércio eletrônico vendem cartões ou certificados de presente ou oferecem códigos de cupom de desconto aos consumidores. Esses varejistas on-line aceitam esses métodos de pagamento para transações de comércio eletrônico. Esses métodos de pagamento são processados como pagamentos feitos por cartões de crédito ou débito.
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