Existem várias coberturas de bagel diferentes que são doces ou salgadas e podem realmente transformar um bagel em uma refeição, seja no café da manhã, almoço ou um lanche rápido. Algumas das coberturas de bagel mais comuns e básicas são manteiga e cream cheese. Outras pessoas gostam de fazer um sanduíche de bagel, usando manteiga de amendoim, frios com pasta ou itens de café da manhã, como ovo e queijo. Indo um passo adiante, os bagels de pizza também são populares, geralmente feitos com molho marinara, queijo derretido e outras coberturas favoritas de pizza. Em certas áreas, salmão defumado – um tipo de salmão defumado em fatias finas – também é um prato favorito, geralmente servido com cream cheese.
As coberturas de bagel que um indivíduo escolhe estão amplamente relacionadas ao tipo de bagel que é usado. Os bagels simples ou de grãos inteiros perdoam muitas coberturas diferentes, mas certos tipos, como os bagels de canela com passas ou cebola, limitam as seleções de cobertura. Como regra geral, a manteiga e o queijo cremoso terão um gosto bom em praticamente qualquer tipo de bagel, o que os torna algumas das coberturas de bagel mais populares e fáceis de usar. Muitas pessoas gostam de ser um pouco mais criativas com suas coberturas, no entanto, e gostam de experimentar novas combinações.
Manteiga de amendoim, espalhada sobre um bagel, pode ser uma cobertura deliciosa. Geléia com sabor também pode ser adicionada, e algumas pessoas também gostam de adicionar bananas fatiadas com sua manteiga de amendoim. Uma alternativa um pouco menos comum é uma pasta de chocolate com avelã que pode ser deliciosa em um bagel simples ou com canela e passas. Lox é outra cobertura de bagel muito popular e geralmente é servido com cebolas e alcaparras, bem como cream cheese. Embora soe mais como um almoço, muitas pessoas gostam dessas coberturas saborosas no café da manhã.
Sanduíches de bagel são a maneira favorita de preparar bagels para muitas pessoas. Sanduíches de café da manhã, como ovo e queijo feitos com bacon, presunto ou salsicha, podem ser especialmente deliciosos. Sanduíches simples de carne deli, ou tomate e alface servidos com uma pasta de ervas, também são ótimas coberturas para bagel. Um simples bagel aberto feito com queijo derretido pode ser um ótimo lanche. Para quem quer ser um pouco mais criativo, um bagel de pizza espalhado com molho de tomate e coberto com queijo, temperos e outras coberturas de pizza como pepperoni, azeitonas ou vegetais fatiados pode ser um ótimo almoço, especialmente para crianças.