Os efeitos colaterais da vasectomia são raros e representam pouca ameaça, sendo o procedimento amplamente considerado um método de controle de natalidade extremamente seguro e confiável. Como em qualquer procedimento cirúrgico, a dor está entre os prováveis efeitos colaterais da vasectomia, podendo ocorrer inflamação e infecção. Outros efeitos colaterais potenciais da vasectomia, como diminuição da libido ou disfunção erétil, são possíveis, mas são incomuns e tratáveis. Alguns homens desenvolvem uma reação imunológica aos próprios espermatozoides, o que pode afetar sua saúde. O efeito colateral mais grave da vasectomia, entretanto, é sua permanência; ao contrário de outros métodos anticoncepcionais, a vasectomia é uma medida vitalícia e não é facilmente revertida.
A dor pós-operatória é o efeito colateral mais provável de ser encontrado. O local da incisão ficará dolorido nos dias seguintes à operação. Essa dor deve diminuir dentro de uma semana, e analgésicos de venda livre geralmente são suficientes para controlar a dor.
A infecção e a inflamação também são possíveis efeitos colaterais da vasectomia. É esperada alguma vermelhidão e inchaço, mas se esses sintomas não desaparecerem em uma semana ou se forem acompanhados de febre, pode ser necessária atenção médica. O homem também pode desenvolver um granuloma, um pequeno nódulo não canceroso criado pelo vazamento de esperma do canal deferente rompido, que pode inflamar e infectar a área. Se houver suspeita de algum desses efeitos colaterais da vasectomia, recomenda-se consultar um médico.
As reações imunológicas aos espermatozóides são possíveis após uma vasectomia, com alguns homens produzindo anticorpos que têm como alvo os espermatozoides. Os pesquisadores levantaram preocupações de que o ataque do corpo às suas próprias células pode levar a outras condições potencialmente graves, incluindo artrite, aterosclerose, doenças cardíacas, diabetes, esclerose múltipla e câncer. Os resultados dos estudos foram inconclusivos e nenhuma ligação entre essas condições e a vasectomia foi confirmada.
Alguns homens relatam um declínio no interesse sexual e alguns relatam disfunção erétil após uma vasectomia. A vasectomia, entretanto, não afeta os níveis de produção de testosterona, nem afeta a sensibilidade ou qualquer função física. Os efeitos colaterais da vasectomia relacionados ao desejo sexual e à disfunção erétil geralmente são de natureza emocional, e a terapia pode ser eficaz na correção desses problemas.
As vasectomias não são facilmente reversíveis e devem ser realizadas apenas por homens que têm certeza de que não desejam ter mais filhos. Em alguns casos, foram tentadas reversões, mas o procedimento não é confiável. Alguns optaram por armazenar o sêmen em um banco de esperma para o caso de terem uma mudança de coração, mas esta é uma opção cara.
Embora as vasectomias ofereçam contracepção muito confiável, elas não oferecem o mesmo grau de proteção oferecido por alguns outros métodos. As vasectomias não oferecem, por exemplo, nenhuma proteção contra doenças sexualmente transmissíveis. O candidato ideal à vasectomia é um homem monogâmico que decidiu com sua parceira não ter mais filhos.