Uma variedade diversificada de peixes, répteis e anfíbios compõem as espécies de água doce do mundo. Embora a maioria das milhares de espécies animais encontradas em fontes de água doce sejam peixes, muitas espécies de anfíbios e répteis também compõem a comunidade de água doce. Várias espécies de mamíferos, pássaros e insetos também podem ser encontradas vivendo total ou parcialmente em água doce.
Os pescadores podem estar familiarizados com a vasta gama de espécies de peixes encontradas em fontes de água doce. Dezenas de espécies de corydoras e bagres prosperam nessas comunidades. Muitos tipos diferentes de peixes pleco também vivem em água doce. Peixes de Suckermouth, desde grandes variedades de bagres até as versões anãs capturadas para uso em aquários, vivem em rios e córregos.
Muitos tipos diferentes de peixes squeaker, hatchetfish e syno podem ser encontrados em água doce. Os populares peixes tetra que as pessoas gostam de manter como animais de estimação são peixes de água doce. Algumas espécies de tubarão, como o tubarão-boi, podem viver em água doce. Eles geralmente retornam à água salgada para se reproduzir. Certos tubarões, encontrados principalmente na Ásia e na Austrália, podem viver e se reproduzir totalmente em água doce. O tubarão Speartooth e o tubarão Irrawaddy River são dois exemplos.
Como peixes de água doce, muitas espécies de répteis e anfíbios são frequentemente capturadas para serem mantidas como animais de estimação. Tartarugas, como o controle deslizante de orelhas vermelhas, são comumente descobertas e mantidas como tal. Algumas espécies ameaçadas de extinção, como o lagarto listrado sem pernas, também vivem em águas doces. Os sapos, como o anão africano e as variedades com garras, costumam morar em lagoas, riachos e outras águas interiores. Salamandras e tritões, também populares opções de animais de estimação, também vivem nesses habitats.
Várias espécies de insetos de água doce fornecem alimento para muitos dos outros animais de água doce. Muitas dessas espécies, como a mosca comum, a mosca do dragão e o mosquito, moram em áreas de água doce. Striders e aranhas também podem ser encontrados nesses habitats. Muitos outros invertebrados, como vermes e sanguessugas, também são espécies de água doce.
A maioria dos mamíferos não vive totalmente imersa na água. O golfinho e o peixe-boi, no entanto, são duas espécies de mamíferos que podem viver totalmente em água doce. Os pântanos abrigam muitas espécies de mamíferos, incluindo o rato almiscarado e a nutria. Castores, lontras e ornitorrincos, também mamíferos, passam grande parte do tempo também em água doce.
As espécies de aves de água doce frequentemente são provenientes de áreas pantanosas. O guindaste é uma das aves de água doce mais conhecidas. Outras espécies de água doce aviária incluem garças, garças, pica-paus e alguns tipos de águias e falcões.