As injeções de febre amarela têm efeitos colaterais semelhantes a outras vacinas. A maioria das pessoas com efeitos colaterais sentem apenas um leve desconforto: o local da injeção pode ficar dolorido, com hematomas e inchado; também pode haver uma febre leve acompanhada de dores e calafrios. As poucas pessoas que apresentam sintomas graves podem apresentar dificuldade para respirar, alterações de comportamento, convulsões, febre alta, batimento cardíaco irregular, urticária e outros sintomas que precisam de tratamento médico imediato. Os efeitos colaterais das injeções contra a febre amarela geralmente ocorrem na primeira hora após a injeção, mas também podem se desenvolver 30 dias após a injeção.
Os médicos observam com mais atenção os efeitos colaterais em pessoas que nunca receberam injeções contra a febre amarela. Sem histórico de vacinação, é impossível saber como uma pessoa vai reagir. Aqueles que receberam a injeção e não experimentaram quaisquer efeitos colaterais são extremamente improváveis de desenvolver efeitos colaterais com injeções recorrentes.
Muitas pessoas sentem apenas efeitos leves após uma vacina contra a febre amarela, como dor ou rigidez no local da injeção. Uma pessoa que está levemente dolorida também pode apresentar vermelhidão, hematomas e talvez inchaço no local da injeção. Uma febre leve e de curta duração também pode ocorrer. Para esses sintomas, o tratamento médico geralmente não é necessário; os sintomas devem desaparecer com o tempo. Se desejar, eles podem tomar medicamentos sem receita para ajudar a aliviar a febre e as dores.
Aqueles que apresentarem sintomas graves devem procurar tratamento médico imediatamente. Os efeitos colaterais graves das injeções contra a febre amarela geralmente são devidos a reações alérgicas e podem ser fatais. Normalmente, aqueles que sofrem essas reações são alérgicos a galinhas, ovos ou gelatina – todos ingredientes comuns nas vacinas.
Aqueles que têm essas alergias são incentivados a evitar viagens para partes da África e da América do Sul, onde o vírus da febre amarela é comum. Se uma pessoa com alergia a ovo ou frango precisar viajar para essas regiões, um médico ainda pode recomendar uma vacina contra a febre amarela, caso se acredite que contrair o vírus é mais perigoso do que uma reação alérgica à injeção. Os médicos podem fornecer a vacinação em doses menores na esperança de induzir uma reação alérgica menos grave.
Certos dados demográficos são mais propensos a sofrer efeitos colaterais graves com as injeções de febre amarela do que outros. Como mencionado, aqueles com alergia a aves estão em risco. As mulheres grávidas também são aconselhadas a não tomar a vacina, pois pode prejudicar o feto. Pessoas com sistema imunológico fraco e que tiveram falência de órgãos como resultado de uma doença grave também podem ser desaconselhadas à injeção. Crianças com menos de nove meses de idade, e especialmente aquelas com menos de seis meses, são consideradas especialmente vulneráveis aos efeitos colaterais negativos.