Existem três diferenças principais entre os campos da medicina convencional e alternativa. A medicina convencional se baseia principalmente em estudos de eficácia para basear os tratamentos, em comparação com os tratamentos alternativos que tendem a não exigir um alto padrão de comprovação científica. Os médicos alternativos costumam olhar para a saúde do paciente como um todo como base para os tratamentos, enquanto os médicos convencionais costumam olhar apenas para a área problemática do corpo. As qualificações educacionais e os padrões de licenciamento também podem ser de maior rigor para os médicos convencionais em comparação com os médicos alternativos.
A medicina convencional também é chamada de medicina científica, devido à maneira como os médicos escolhem os tratamentos adequados para um paciente. Os estudos clínicos, que examinam as pessoas com um determinado problema e como um determinado tratamento as beneficia, são a base da medicina convencional. Esse método de verificar se um tratamento funciona e se funciona bem permite que os médicos descartem tratamentos que não são eficazes e implementem tratamentos mais benéficos para o paciente. A medicina convencional e a alternativa diferem porque, embora os médicos alternativos possam submeter seus tratamentos ao processo de estudo clínico, ela não é uma parte essencial do processo de escolha de um tratamento.
Exemplos de práticas médicas convencionais incluem quimioterapia, cirurgias e vacinações. Os tratamentos alternativos incluem acupuntura, homeopatia e fitoterapia. As terapias alternativas são tecnicamente aquelas que as pessoas optam por realizar em vez de um tratamento convencional, enquanto as terapias complementares são aquelas pelas quais os pacientes optam, bem como o tratamento médico convencional.
Uma das razões pelas quais uma pessoa pode procurar a medicina convencional e a alternativa e escolher a última é que os médicos tendem a olhar principalmente para o local de um problema no corpo e podem negligenciar o resto do corpo. Os praticantes alternativos geralmente tentam tratar todo o corpo de forma holística. Isso pode se encaixar melhor em formas espirituais ou filosóficas de encarar a doença e também pode dar ao paciente uma sensação de mais controle sobre seu corpo em comparação com uma abordagem potencialmente mais autoritária de um profissional médico convencional. Os praticantes da medicina convencional e alternativa também podem discordar amplamente quanto às causas da doença, com os praticantes convencionais se concentrando na pesquisa científica, enquanto os praticantes alternativos podem trabalhar em um conceito, como campos de energia ou estruturas esqueléticas desalinhadas.
Geralmente, se uma medicina alternativa funciona de forma eficiente e pode passar com sucesso pelo processo de estudo clínico, ela se torna parte da medicina convencional. Um exemplo é a maconha medicinal, que embora tenha um lugar na medicina tradicional à base de ervas, não era um medicamento aprovado até que passou nos estudos clínicos e se tornou mais amplamente aceita na medicina convencional. Como os profissionais médicos convencionais desconfiam de novos tratamentos, até que possam ser comprovados como seguros e eficazes, os médicos tendem a confiar nos medicamentos convencionais em vez dos tratamentos alternativos. Os perigos potenciais para remédios alternativos incluem envenenamento ou lesão corporal ou, se o tratamento não funcionar, o paciente pode sofrer danos irreversíveis que talvez pudessem ser evitados com o tratamento convencional imediato. Normalmente, os riscos das opções convencionais são bem conhecidos, assim como os benefícios.
Como o campo da medicina alternativa contém tantas práticas diferentes, que muitas vezes não são baseadas em tratamentos que passam pelos rigores dos estudos clínicos, a regulamentação do campo por órgãos governamentais pode ser de um padrão inferior ao dos médicos convencionais. Normalmente, um médico ou enfermeira em um sistema médico convencional tem que completar um alto padrão de educação e se tornar licenciado para praticar a medicina, enquanto um médico alternativo pode não ter que cumprir com os padrões governamentais de forma alguma, mas sim aderir às diretrizes estabelecidas por um órgão da indústria.