A ecologia de zonas úmidas inclui o estudo de qualquer área de terra que esteja parcial ou completamente submersa sob a água, permanentemente ou por um período substancial de tempo a cada ano. Existem muitos tipos de áreas úmidas, que variam de pântanos a áreas úmidas costeiras. Cada ambiente contém uma mistura única de plantas e animais.
O estudo dos pântanos é um grande ramo da ecologia das áreas úmidas. Os pântanos são amplamente definidos pela presença de árvores submersas, mas ainda vivas. Essas áreas geralmente existem nas planícies de inundação próximas aos rios e podem se tornar bastante grandes. O sistema de pântanos Al-Sudd no sul do Sudão, por exemplo, cobre mais de 30.000 quilômetros quadrados (18.641 milhas quadradas). Nos Estados Unidos, o Big Cypress Swamp, que é adjunto dos Everglades da Flórida, contém 3.862 milhas quadradas (3.862 quilômetros quadrados) de ecologia de zonas úmidas.
Os pântanos têm muita biodiversidade. Grandes répteis, como jacarés e crocodilos, parecem particularmente em casa nessas áreas. A vida dos insetos é abundante e fornece alimento para inúmeras espécies de peixes e pássaros. Piscinas estagnadas dentro desses ecossistemas hospedam uma variedade de plantas e fungos aquáticos.
Os pântanos costumam fazer fronteira com pântanos, mas também podem ser formados de forma independente. Essas áreas podem ser compostas de água doce ou uma combinação de água doce e salgada. Geralmente, as águas nos pântanos são mais estagnadas que os pântanos, e há poucas ou nenhumas árvores.
Áreas de pântanos que fazem fronteira com o oceano geralmente contêm uma mistura de água doce e água salgada. Os pântanos salgados e os salgados têm o maior teor de sal e muitas vezes a menor variedade de vida selvagem. Gramíneas resistentes ao sal, como ostras e arame, prosperam nesses ecossistemas. Caranguejos, ostras e peixes levados pelas marés atraem inúmeros pássaros.
Os pântanos de água doce e os pântanos intermediários têm um teor de água salgado leve a nenhum. Como resultado, a vida vegetal e animal é abundante e diversificada. Mamíferos, principalmente roedores, são abundantes nessas áreas. As aves aquáticas, como patos e gansos, são onipresentes, assim como pequenos répteis como sapos e tartarugas. A ecologia de zonas úmidas nos pântanos também compreende muitas das mesmas espécies de peixes e aves que estão presentes nas vias navegáveis locais.
A ecologia de zonas úmidas também inclui, em menor grau, o estudo de habitats de pântanos. Assim como os pântanos, esses pântanos costumam ser arborizados. A água do pântano, no entanto, é extremamente ácida e geralmente bastante estagnada. Essa combinação geralmente produz turfa quando grandes quantidades de musgo morto ou líquen estão presentes.
A vida animal nos pântanos é limitada pela acidez da água. As espécies presentes, no entanto, geralmente são altamente adaptadas às condições do ambiente do pântano. Como resultado, essas plantas e animais raramente são encontrados em outras áreas.