La estructura de la influenza es complicada incluso para los virólogos experimentados. Uno de los aspectos más singulares de la influenza es su capacidad para mutar su estructura o formación en un período de tiempo relativamente corto. El estudio de su estructura revela características únicas que hacen del virus de la influenza uno de los patógenos más peligrosos del planeta. Las características de la influenza, incluida la composición de su membrana y la forma eficaz en que «secuestra» células sanas para utilizarlas como hospedador, la distingue de algunos virus más comunes. La estructura compleja y reforzada de la influenza ha hecho que sea relativamente difícil luchar cuando estalla una epidemia en una población.
Los científicos creen que la estructura del virus de la influenza es única en el sentido de que es un virus envuelto o un virus que «roba» la membrana de su célula huésped antes de que se replique. Mientras que otros virus exhiben propiedades similares a esta, el virus de la influenza es muy eficiente en el uso de esta táctica para superar a una célula sana. Una vez que el virus ha compilado su estructura de membrana, tiene una variedad única de «picos» o glicoproteínas, que se conectan a azúcares llamados hemagluteno (HA) y neuraminidasa (NA). La forma específica en que estos azúcares se organizan dentro de la estructura de la influenza determina qué cepa general es, AB o C.
El virus de la influenza está sorprendentemente reforzado. Debajo de su membrana lipídica, se encuentra otra capa protectora. La proteína de la matriz viral, o proteína M1, forma una capa difícil de penetrar que la protege de posibles atacantes. Esta capa protege los componentes más importantes de la estructura del virus de la influenza, el ARN viral. Cuando un virus ataca a una célula huésped sana, inyecta las instrucciones genéticas contenidas en su ARN en la «fábrica» de enzimas de la célula sana. Luego usa estas enzimas para llevar a cabo su objetivo final de hacer replicaciones de sí mismo.
Este proceso de replicación continúa hasta que es detenido por productos farmacéuticos o por el sistema inmunológico del huésped. La estructura mutante y reforzada de la influenza puede paralizar el sistema inmunológico porque esencialmente se vuelve confuso y con exceso de trabajo. El tratamiento de una epidemia de influenza con medicamentos de amplio espectro deteriora aún más el sistema inmunológico de los pacientes, y el virus puede propagarse desenfrenadamente y causar estragos en el sistema. Comprender el paso de «secuestro» que utiliza el virus para envolver primero un virus y obtener el control sobre su síntesis de enzimas está a la vanguardia de la investigación de nuevos medicamentos, inmunizaciones y terapias alternativas que ayudarán a combatir las enfermedades emergentes que contribuyen al virus.