El sistema separado es una forma de diseño y filosofía de la prisión que busca mejorar el proceso de reforma de los presos a través del aislamiento y la falta de interacción social. Este sistema se utilizó principalmente en la construcción de varias cárceles en las que cada preso debía estar en una unidad separada, colocando a cada preso en régimen de aislamiento. El aislamiento se reforzó aún más mediante una serie de métodos utilizados para despojar a un prisionero de su antigua identidad. Este sistema separado tenía la intención de garantizar que las subculturas y actitudes delictivas no pudieran florecer en las cárceles.
También llamado el «sistema de Pensilvania» debido al uso del sistema separado en la Penitenciaría del Estado del Este cerca de Filadelfia, Pensilvania, este sistema a menudo se integraba en el diseño de una prisión. Una prisión construida con el sistema separado generalmente se parecería mucho a una rueda que podría usarse en una bicicleta o un carruaje. Habría una oficina central que actuaría como un centro para los guardias y guardias de la prisión, y desde este centro se extenderían varias alas como los radios de una rueda. Cada una de estas alas albergaba las celdas individuales en las que los prisioneros serían encarcelados por sí mismos.
El sistema separado fue diseñado para reducir la interacción entre los presos como una forma de prevenir la formación de organizaciones criminales dentro de los entornos carcelarios comunales. También se pensó que este diseño aceleraría la reforma de los prisioneros al mantener a cada prisionero aislado y dándole tiempo para reflexionar sobre lo que había hecho. Con el fin de lograr aún más estos objetivos, los presos en un sistema penitenciario separado solo eran referidos por un número, nunca por su nombre, y no se les permitía casi ningún contacto con otros presos. Incluso cuando estaban fuera de sus celdas, durante los ejercicios, a menudo se ejercitaban en áreas individuales que mantenían a los prisioneros alejados unos de otros.
Estas áreas de ejercicio individuales no siempre fueron prácticas y muchas cárceles que usaban el sistema separado permitían a los presos hacer ejercicio juntos con capuchas que cubrían sus rostros. Los prisioneros solían estar atados a una cuerda que mantenía a cada prisionero separado unos de otros, y se esperaba que permanecieran en silencio mientras se ejercitaban. Incluso durante los servicios religiosos, a los presos se les permitía vocalizar solo cantando y se sentaban en cubículos que permitían que el capellán los viera, pero no podían verse entre sí. El sistema separado ha influido en los diseños de muchas cárceles modernas, aunque el aumento del número de presos ha hecho que el aislamiento constante no sea práctico.