L’histoire du drapeau de l’État du Mississippi comprend la sécession de l’État de l’Union, la reconstruction et un vote au 21e siècle pour changer l’ancien design. Le Mississippi n’avait pas de drapeau enregistré jusqu’à ce qu’il se sépare de l’Union en 1861 et en crée un pour représenter la nouvelle nation souveraine du Mississippi. En 1894, la législature de l’État a décidé de créer un nouveau drapeau pour coïncider avec la place de l’État dans le pays réunifié. Ce drapeau avait servi de drapeau officiel de l’État du Mississippi pendant 107 ans lorsqu’un vote a eu lieu sur l’opportunité de modifier ou non le design traditionnel.
La décision du peuple du Mississippi de se séparer de l’Union a suscité la nécessité d’un drapeau d’État du Mississippi. Ils ont d’abord adopté le drapeau bleu Bonnie qui avait été utilisé par l’ancienne République de Floride. Ce drapeau était simplement un fond bleu avec une étoile blanche au milieu et n’était le drapeau officiel que pendant quelques semaines. Le législateur l’a rapidement modifié en déplaçant le carré bleu et l’étoile blanche au coin d’un fond blanc, en ajoutant un magnolia au milieu et une barre rouge sur le côté.
Une fois les États réunis à la fin de la guerre civile, le Mississippi a créé un nouveau drapeau avec un drapeau de bataille confédéré dans le coin et une bande rouge, blanche et bleue le traversant. Ce drapeau a envoyé un message mitigé sur son origine. Par exemple, le drapeau de bataille confédéré ressemblait à la plupart des gens comme un symbole de l’appartenance du Mississippi à la Confédération, mais la description officielle du drapeau l’appelle un carré de l’Union. Il y a 13 étoiles qui remplissent la croix qui pourraient symboliser soit les 13 colonies d’origine, soit les 13 États qui faisaient partie de la Confédération.
Ce genre d’ambiguïté dans la signification du drapeau de l’État du Mississippi a conduit certaines personnes à remettre en question sa validité au 20e siècle. En 2001, le gouverneur Musgrove a signé un projet de loi autorisant les habitants du Mississippi à voter soit pour conserver l’ancien drapeau, soit pour adopter un nouveau design qui causerait moins de controverse. Le nouveau design avait les mêmes rayures rouges, blanches et bleues, mais le carré d’angle est devenu un fond bleu avec 19 petites étoiles et une grande étoile qui représentaient le Mississippi et les 19 autres États qui faisaient partie de l’Union en 1817. Un une écrasante majorité a voté pour que le drapeau de l’État du Mississippi reste tel qu’il était depuis plus de 100 ans.