Bei der Auswahl eines Fischkäfigs müssen mehrere Faktoren berücksichtigt werden. Die wichtigsten Überlegungen bei den meisten Fischzuchtbetrieben sind oft das Design und die damit verbundenen Kosten jedes Käfigtyps. Die richtige Art des Netzes und die Maschengröße sind auch beim Bau eines Aquakulturkäfigs von entscheidender Bedeutung.
Für kleine Fischereien, insbesondere solche, die in flachen Gewässern tätig sind, ist ein fester Aquakulturkäfig in der Regel die wirtschaftlichste Option. Diese Käfige bestehen normalerweise aus einem Netz, das um Pfosten gespannt wurde, um ein Gehege zu bilden. Das Netz und die Pfosten werden oft mehrere Meter über der Wasserlinie ausgefahren, um ein Entkommen der Fische zu verhindern.
Auch Schwimmkäfige bestehen hauptsächlich aus Netzen und sind daher oft preisgünstig. Diese Art von Aquakulturkäfig ist so konzipiert, dass er sich mit Wasserströmungen bewegt und den meisten See- und Flussbedingungen mit minimalem Verschleiß standhält. Diese Fischkäfige werden oft von Bojensystemen getragen und können relativ leicht vergrößert oder verkleinert werden.
Bei der Auswahl eines Aquakulturkäfigs sollte die Möglichkeit extremer Wetterbedingungen berücksichtigt werden. Hohe Wellen und Winde können Käfige beschädigen, die auf Bojen und Pfostenankern angewiesen sind. Da diese Bedingungen in der marinen Aquakultur üblich sind, sind Fischkäfige, die in Ozeanen verwendet werden, im Allgemeinen untergetaucht oder tauchfähig. Diese Käfige sind in der Regel die teuerste Option, da in der Regel die Verwendung von Metallrahmen und Netzen erforderlich ist.
Obwohl die Verwendung von Netzen durch die Gestaltung eines Fischkäfigs weitgehend vorgegeben ist, rechtfertigen bestimmte Bedingungen die Verwendung eines alternativen Materials. In Gebieten, in denen Raubtiere Zugang zu den Fischen haben, kann ein Aquakulturkäfig zum Schutz vor Verlust einen Metallkäfig erfordern. Auch die gehaltenen Fischarten müssen berücksichtigt werden, da einige Rassen dafür berüchtigt sind, selbst die härtesten Nylonnetze zu durchdringen.
Lokale Gesetze können sich auch auf die Wahl des Käfigmaterials auswirken. Einige Gebiete haben die Verwendung von Metallkäfigen aufgrund möglicher ökologischer Schäden durch die Oxidation der Metalle verboten. Einige Gebiete haben zusätzlich bestimmte Arten von Netting verboten. Insbesondere die Verwendung von Nylonnetzen, die mit Chemikalien behandelt wurden, um das Anhaften von Fischabfällen zu verhindern, ist oft illegal.
Auch die Größe der Löcher im Netz ist wichtig. Die Räume sollten groß genug sein, um den freien Wasserfluss zu ermöglichen, aber klein genug, um ein Entweichen zu verhindern. Obwohl viele Fischereien eher vorsichtig sind, wenn sie kleinere Maschen wählen, raten viele Fachleute davon ab. Die Innereien größerer Fische können sich oft in feinen Maschen festsetzen, was den Wasserfluss einschränkt und folglich zu einem gefährlich niedrigen Sauerstoffgehalt führt.