Der Hauptunterschied zwischen einem Antikörper und einem Protein besteht darin, dass, obwohl alle Antikörper Proteine sind, nicht alle Proteine Antikörper sind. Proteine sind eine allgemeine Kategorie großer Moleküle, die sowohl als strukturelle als auch als funktionelle Einheiten für alle lebenden Organismen auf der Erde dienen. Sie sind auch der Speicher von 20 essentiellen Aminosäuremolekülen in Pflanzen und Tieren, die für das menschliche Überleben notwendig sind, die der menschliche Körper jedoch nicht aus anderen chemischen Vorläufern herstellen kann. Antikörper sind eine besondere Art von Y-förmigen Proteinen, die als Teil des Immunsystems fungieren und spezielle Bindungsrezeptorstellen für Antigenstellen auf Viren und Bakterien enthalten, aus denen sich solche Organismen reproduzieren. Wenn Antikörper in signifikanter Zahl vorhanden sind, hemmen sie die Vermehrung von Viren und Bakterien im Körper, indem sie an Antigene binden und lösen andere Immunreaktionen aus, um die Gesundheit zu gewährleisten.
Ein weiteres Schlüsselmerkmal sowohl eines Antikörpers als auch eines Proteins, das für ihre Funktion maßgeblich ist, ist die Art und Weise, wie die Moleküle gefaltet oder geformt sind, da dies ihre Fähigkeit beeinflusst, an andere Moleküle zu binden und in der zellulären Umgebung günstig zu interagieren. Während ein Antikörper und ein Protein unterschiedliche chemische Strukturen aufweisen können, kann ihre Faltungsarchitektur in einigen Fällen ähnlich sein, was sich direkt auf die Rolle auswirkt, die sie zu einem bestimmten Zeitpunkt im Körper spielen. Aktuelle Datenbanken aus dem Jahr 2011 haben nur eine begrenzte Anzahl von tatsächlichen Faltmustern identifiziert, die in der Natur vorkommen, obwohl es theoretisch Millionen verschiedener Kombinationen geben könnte. Schätzungen zufolge gibt es zwischen 1,233 und 1,393 Faltmuster für einen Antikörper und ein Protein. Alle Antikörper nehmen jedoch eine einzigartige Y-Form an, mit spezifischen Aminosäurerezeptorstellen im oberen Teil des Y, wo beide Zweige dieser Region gleichzeitig an zwei separate Antigene binden können, um sie zu deaktivieren.
Ein wesentlicher Unterschied zwischen einem Antikörper und einem Protein ist auch die Region, aus der sie hergestellt werden. Während die Proteinsynthese ein natürliches Ergebnis der Kombination von Aminosäuresequenzen in verschiedenen Zelltypen aus Desoxyribonukleinsäure (DNA) ist, haben Antikörper eingeschränktere Herstellungsverfahren. Antikörper werden wegen ihrer Bindungsfunktion im Immunsystem oft als Immunglobuline bezeichnet und diese Moleküle werden normalerweise nur von B-Lymphozyten oder B-Zell-Strukturen, auch als weiße Blutkörperchen oder Plasmazellen bekannt, im Knochenmark produziert.
Die allgemeine Klassifizierung für einen Antikörper und ein Protein variiert ebenfalls. Obwohl es mindestens 100 verschiedene Arten von Proteinmolekülen gibt und sie zahlreiche molekulare Funktionen erfüllen, von der Erleichterung der motorischen Aktivität bis zur DNA-Katalyse, sind Antikörper entweder monoklonal oder polyklonal. Monoklonale Antikörper können nur an ein spezifisches Antigen binden und werden auf natürliche Weise im Körper als Reaktion auf fremde Eindringlinge produziert. Polyklonale Antikörper hingegen werden aus dem Blut immunisierter Tiere gewonnen und können so verändert werden, dass sie an eine Vielzahl von Antigenen binden.
Organismen stimulieren auf natürliche Weise die Antikörperproduktion, um sich vor Infektionen zu schützen, aber auch die medizinische Wissenschaft ist stark an der Herstellung von Forschungsantikörpern beteiligt, und es gibt mittlerweile große Antikörperkataloglisten, in denen Labore die Antikörper bestellen können, die sie für bestimmte Forschungsinteressen benötigen. Die Zahl der Lieferanten polyklonaler Antikörper weltweit betrug 180 mindestens 2011 Unternehmen, von denen viele Listen mit über 20,000 verschiedenen Antikörpern zum Verkauf und Versand anbieten, darunter auch einige monoklonale Antikörper.