Die Staatsflagge von North Carolina, wie sie derzeit geflogen wird, wurde im März 1885 angenommen. General Johnston Jones wird zugeschrieben, den Gesetzentwurf vorgeschlagen zu haben, der die Staatsflagge von North Carolina von ihrem vorherigen Design, das North Carolina während des Bürgerkriegs repräsentierte, änderte. Die aktuelle Flagge von North Carolina zeigt eine breite horizontale rote obere Leiste über einer breiten horizontalen weißen unteren Leiste. Ein vertikaler blauer Balken schmückt die linke Seite der Flagge, und darüber liegen die Buchstaben NC in Gold, getrennt durch einen weißen Stern. Über diesen Buchstaben verkündet ein goldenes Banner in schwarzer Schrift das Datum der mecklenburgischen Unabhängigkeitserklärung, den 20. Mai 1775. Ein ähnliches Banner unter den Buchstaben NC zeigt das Datum der Halifax Resolves, den 12. April 1776.
Die erste Person, die die Annahme einer Staatsflagge von North Carolina vorschlug, soll Colonel John D. Whitford gewesen sein. Er soll seinen Vorschlag am 20. Mai 1861 gemacht haben, dem Tag, an dem North Carolina dafür stimmte, sich von den Vereinigten Staaten von Amerika abzuspalten und den Konföderierten Staaten von Amerika beizutreten. Während die North Carolina Convention Whitfords Flaggenvorschlag genehmigte, lehnte die Gruppe seinen Entwurf letztendlich ab. Stattdessen akzeptierten sie ein Design von William Jarl Browne. Dieses Design wurde am 22. Juni 1861 von der North Carolina Convention offiziell angenommen und blieb bis nach dem Bürgerkrieg in Gebrauch.
Die ursprüngliche Staatsflagge von North Carolina ist im Design der gegenwärtigen Staatsflagge von North Carolina sehr ähnlich. Die Position der roten und blauen Balken, wie sie auf der modernen Flagge des Staates erscheinen, wurde vertauscht. Der vertikale Balken links war rot und der horizontale obere Balken rechts war blau. Der rote vertikale Balken trug normalerweise einen weißen Stern.
Über diesem Stern stand im Allgemeinen das Datum der mecklenburgischen Unabhängigkeitserklärung und darunter das Datum der offiziellen Nachfolge von North Carolina aus den Vereinigten Staaten, der 20. Mai 1861. Historiker glauben, dass North Carolina einer von nur zwei konföderierten Staaten war, die während des amerikanischen Bürgerkriegs offizielle Staatsflaggen an seine Regimenter ausstellen.
Die meisten glauben, dass die Notwendigkeit einer neuen Staatsflagge von North Carolina klar wurde, als North Carolina nach dem amerikanischen Bürgerkrieg wieder den Vereinigten Staaten beitrat. Der Bundesstaat North Carolina verwendet weiterhin das im März 1885 angenommene grundlegende Flaggendesign. Ein Gesetz des Gesetzgebers des Staates im Jahr 1991 verlängerte die Staatsflagge von North Carolina und entfernte die Kommas aus den darauf angezeigten Daten.