Ein LOD-Score ist eine Darstellung der Wahrscheinlichkeit einer Verbindung zwischen zwei genetischen Merkmalen. Wenn die Punktzahl hoch ist, bedeutet dies, dass die Merkmale eng miteinander verbunden sind und daher normalerweise zusammen vererbt werden. Niedrige Werte hingegen weisen auf eine geringe Verknüpfung hin. Das Verständnis dieser Zahlen ist für Genetiker aus einer Reihe von Gründen wichtig, von dem Wunsch, bestimmte genetische Bedingungen zu verstehen, bis hin zu dem Wunsch, mithilfe von Informationen über bekannte Gene herauszufinden, wo sich ein Gen befindet.
Um die Bedeutung des LOD-Scores zu verstehen, ist es hilfreich zu wissen, dass je näher zwei Genorte beieinander liegen, desto wahrscheinlicher ist es, dass sie zusammen vererbt werden. Liegen Gene beispielsweise auf unterschiedlichen Chromosomen, werden sie meist getrennt vererbt, da während der Meiose viel Crossover auftreten kann. Gene, die sich auf demselben Chromosom befinden, aber weit voneinander entfernt sind, werden normalerweise auch unabhängig vererbt. Wenn sich Loci auf demselben Chromosom jedoch in unmittelbarer Nähe befinden, neigen sie dazu, zusammen vererbt zu werden. Diese Informationen sind die Grundlage des Bewertungssystems.
LOD steht für „Logarithm of the Odds“ und spiegelt die Tatsache wider, dass die Zahl logarithmisch ausgedrückt wird. Als allgemeine Regel gilt, dass ein Score von 3 oder höher bedeutet, dass eine hohe Wahrscheinlichkeit einer genetischen Verbindung besteht. Niedrigere Zahlen weisen auf eine geringere Wahrscheinlichkeit einer genetischen Verknüpfung hin, obwohl sie beim Eliminierungsprozess immer noch nützlich sein können.
Um einen LOD-Score zu bestimmen, wird eine Datenstichprobe benötigt, und bei dieser Art der statistischen Analyse gilt: Je größer die Stichprobe, desto besser. Forscher, die mit Organismen wie Fruchtfliegen arbeiten, können eine Population aktiv züchten, um gewünschte Merkmale hervorzubringen oder zu unterdrücken, um den Zusammenhang zwischen bestimmten Merkmalen zu untersuchen, während sich die Forscher bei Populationen wie dem Menschen auf durch Beobachtung gesammelte Daten beschränken müssen. Große Stichproben liefern tendenziell statistisch aussagekräftigere Informationen, da sie das Risiko von Zufallszahlen und Clustern verringern, die die Daten verzerren.
Anhand von Daten einer interessierenden Population untersuchen die Forscher, wie oft bestimmte Merkmale zusammen auftreten und wie oft sie getrennt auftreten. Diese Informationen werden verwendet, um die Rekombinationsfrequenz zu ermitteln, wobei untersucht wird, wie oft genetische Merkmale rekombinieren. Um auf demselben Chromosom zu liegen, muss die Rekombinationshäufigkeit weniger als 50 % betragen, und sie muss noch weiter abfallen, um anzuzeigen, dass die Loci nahe beieinander liegen. Forscher analysieren diese Informationen, um festzustellen, wie wahrscheinlich es ist, dass eine genetische Verbindung besteht oder nicht. Der LOD-Score wird bestimmt, indem die Wahrscheinlichkeit einer Verknüpfung durch die Wahrscheinlichkeit einer Nichtverknüpfung dividiert wird. Typischerweise werden Scores für mehrere Loci berechnet.