Für jede Pflanzenart, die ein Landwirt ohne chemische Düngemittel oder Pestizide biologisch anbauen möchte, ergeben sich andere Schwierigkeiten. Die ertragreiche Produktion von Bio-Kartoffeln zum Beispiel erfordert wahrscheinlich mehr Zeit und Geld, bevor sie auf den Markt kommen, und einen höheren Preis am Produktstand als bei konventionellem Anbau. Die Rückzahlung besteht darin, dass Gemüse keine potenziell schädlichen Giftstoffe für Menschen und ihr Land enthält.
Das Center for Integrated Agricultural Systems der University of Wisconsin stellte 1990 in einer Studie zu Bio-Kartoffeln fest, dass diejenigen, die mit chemischen Pestiziden, Herbiziden und Düngemitteln sowie genetisch verändertem Saatgut angebaut wurden, höhere Erträge und geringere Kosten hatten. In einem Jahr produzierten konventionelle Farmen in der Studie ungefähr 32,800 lbs. (fast 15,000 kg) pro Morgen Kartoffeln, während Biobetriebe ungefähr 21,200 lbs produzierten. (fast 10,000 kg) pro Morgen. Außerdem war der Betrieb der Bio-Kartoffelfarmen mit Durchschnittspreisen von 1,074 US-Dollar (USD) pro Acre gegenüber 928 USD pro Acre für konventionelle Farmen etwas teurer. Um konkurrieren zu können, mussten Biobauern die Preise drastisch erhöhen, um ihre Arbeit zu rechtfertigen.
Die zusätzlichen Kosten und Zeit, die mit dem Anbau von Bio-Kartoffeln verbunden sind, beinhalten mehrere Faktoren. Anstatt chemische Düngemittel oder Herbizide zur Bekämpfung von Kartoffelkrankheiten einzusetzen, müssen Bauern auf Feldern anbauen, auf denen im Jahr zuvor Mais oder Luzerne produziert wurden, um bestimmte Krankheiten abzuwehren. Landwirte müssen das Unkraut von Hand pflücken oder nicht-chemische, unkrautvernichtende Mittel verwenden, anstatt Unkraut mit Herbiziden zu ersticken.
Die vielleicht größte Bedrohung für Bio-Kartoffeln sind die vielen Schädlinge, die von ihnen angezogen werden. Typischerweise verwenden Landwirte potenziell schädliche Insektizide, um die Insekten abzuwehren, die am meisten von den Pflanzen angezogen werden. Nach Angaben des Department of Entomology der University of Kentucky können diese Fehler in zwei Ursachen unterteilt werden. Die oberirdischen Bedrohungen sind die winzigen Blattläuse, Kartoffelzikaden und Kartoffelkäfer. Unter der Erde sind die ebenso verheerenden weißen Maden und braunen Drahtwürmer. Dies sind nur die am weitesten verbreiteten Bedrohungen in diesem Teil der Welt.
Bio-Kartoffeln benötigen spezielle Düngemittel, Insektizide, Feuchtigkeitsmanagement und Fruchtfolge, um einen marktfähigen Ertrag zu erzielen. Dies bedeutet wahrscheinlich auch, dass mehr Zeit für die Ausrottung von Schädlingen und Krankheiten aufgewendet wird. Dennoch führen die höheren Marktkosten zu einem gesünderen Boden, auf dem die Pflanzen angebaut werden – und einem gesünderen Lebensmittel auf dem Tisch.