Stereomikroskope werden auch als Stereomikroskope, Inspektionsmikroskope und Dissektionsmikroskope bezeichnet. Sie sehen binokularen Verbundmikroskopen ähnlich, haben aber einen wesentlichen Unterschied. Ein binokulares Verbundmikroskop hat ein Objektiv und ein passendes Okularpaar. Ein Prisma wird verwendet, um den Lichtstrahl aus dem vom Objektiv erzeugten Bild auf jedes Auge aufzuteilen. Dies ist nicht dasselbe wie ein Stereomikroskop, obwohl es zwei Okulare hat.
Der wesentliche Unterschied im Aufbau zwischen einem binokularen Verbundmikroskop und einem Stereomikroskop besteht darin, dass ein Stereomikroskop nicht nur zwei Okulare, sondern auch zwei Objektive hat. Aus diesem Grund betrachtet der Betrachter, der ein Stereomikroskop verwendet, das Objekt aus zwei leicht unterschiedlichen Winkeln, wodurch das Objekt in drei Dimensionen erscheint. Zwei verschiedene Arten von Stereomikroskopen – fest und Zoom – bieten jedoch immer noch Variationen in der Vergrößerung und der Möglichkeit, sie zu ändern. Stereomikroskope haben oft eine geringere Leistung als zusammengesetzte Mikroskope. Unabhängig davon, ob sie eine feste oder eine Zoom-Vergrößerung haben, liegen sie im Allgemeinen unter der 100-fachen Vergrößerung. Es gibt jedoch auch Stereomikroskope mit modularem Aufbau, die es dem Benutzer ermöglichen, Stativ, Beleuchtung, Objektive und Okulare bedarfsgerecht zusammenzustellen.
Es gibt noch andere wichtige Unterschiede zwischen Stereomikroskopen und zusammengesetzten Mikroskopen. Ein Stereomikroskop liefert dem Betrachter ein aufrechtes und seitlich korrektes Bild im Gegensatz zu dem auf dem Kopf stehenden und rückwärts gerichteten Bild, das ein zusammengesetztes Mikroskop liefert. Außerdem hat das Stereomikroskop in den meisten Fällen einen größeren Abstand zwischen Tisch und Objektiv, damit die Probe während der Betrachtung bearbeitet oder präpariert werden kann. Darüber hinaus entsteht durch ein Flex-Arm-System ein Stereomikroskop der anderen Art: eines, bei dem der Tisch eine beliebige Oberfläche hat und viel mehr Arbeitsfläche zur Verfügung steht. Bei diesem System fehlt die Basis des Stereomikroskops und der obere Teil mit den Okularen und Objektiven ist auf einem flexiblen Arm montiert, der auf eine Höhe von 2.5 Metern angehoben werden kann. Kundenspezifische Systeme können auch entworfen werden, wenn der Stereomikroskopkopf auf einem Auslegerstativ montiert ist.
Ein weiterer Unterschied zwischen Stereomikroskopen ist die Art der Beleuchtung, die sie verwenden – zum Beispiel ein LED-Ringlicht, eine Leuchtstofflampe oder Glasfaser, ob sie mit einer Digitalkamera und/oder Videofunktion ausgestattet sind und ob sie eine Videomonitor. Verschiedene Arten von Stereomikroskopen werden für Benutzer von Kindern bis hin zu Profis hergestellt. Die Preise reichen von weniger als 100 US-Dollar (USD) bis mindestens 14,000 US-Dollar – und zwar für ein Leica M125 Trinocular Zoom Stereo Mikroskop mit ergonomisch geneigtem Kopf, einer faseroptischen Hellfeld-/Dunkelfeld-Durchlichtbasis und einem Zoombereich von 8x auf 100x.