Aunque Alabama se convirtió en estado en 1819, la historia de su bandera estatal no comenzó hasta 1861 cuando se tomó la decisión de separarse de la Unión. En enero de 1861, en la Convención de Secesión, los delegados adoptaron la primera bandera del estado de Alabama. Esa bandera solo se usó unas pocas semanas; en marzo de 1861, Alabama, en cambio, comenzó a usar la primera de las dos banderas confederadas como propia. En 1865, tras el final de la Guerra Civil, la bandera de los Estados Unidos se convirtió en la bandera oficial de Alabama. Finalmente, en 1891, Alabama diseñó y finalmente adoptó una bandera única que ha ondeado sobre el estado desde entonces.
La bandera del estado de Alabama de 1861 fue diseñada en Montgomery por un pequeño grupo de mujeres. A un lado de la bandera se exhibía la figura de la Diosa de la Libertad sosteniendo una espada en una mano y una bandera más pequeña con una sola estrella en la otra; las palabras “Independiente ahora y para siempre” aparecieron encima de la figura. El otro lado tenía una serpiente de cascabel enroscada junto con una planta de algodón con las palabras “No me toques” debajo de esta representación. Esta bandera a veces se conoce como la bandera de la Convención de Secesión o la bandera de la República de Alabama. Aproximadamente un mes después de que se adoptó como la bandera del estado de Alabama, una tormenta severa lo dañó, y la bandera fue quitada y nunca más voló.
Poco después de que se retirara la primera bandera estatal de Alabama, el estado optó por utilizar la bandera nacional confederada. En ocasiones oficiales, se izó la primera bandera nacional o la segunda bandera nacional de la Confederación. Una vez que terminó la Guerra Civil en 1865, esas banderas se quitaron y Alabama volvió a usar la bandera de los Estados Unidos.
Alabama usó la bandera de los Estados Unidos hasta 1891 cuando se encargó un nuevo diseño para una bandera estatal. Finalmente, en 1895, la legislatura aprobó una nueva bandera, que sigue siendo la bandera del estado de Alabama en la actualidad. El diseño aprobado se modeló en la bandera de la batalla confederada y se convirtió en la segunda bandera oficial del estado de Alabama.
De las 50 banderas estatales, la de Alabama es una de las más simples en diseño. Según se promulgó como ley, la bandera de Alabama es una cruz de San Andrés carmesí colocada sobre un campo blanco. Los colores utilizados en la bandera representan coraje y pureza, mientras que la cruz refleja parte del diseño de la bandera de la Batalla Confederada. Dado que la legislación no dicta si la bandera debe ser rectangular o cuadrada, se ve en ambos sentidos.