Los organismos generalmente se clasifican de acuerdo con el sistema de tres dominios, introducido por Carl Woese en 1990. Reemplaza el antiguo sistema de clasificación de organismos de cinco reinos. En la clasificación de Woese, los tres dominios de la vida son: Bacteria, Archaea y Eucaryota.
También se está considerando la adición de un cuarto dominio, Acytota, que significa «sin células», para representar virus y otros pseudoorganismos sin células como los priones. Aún más especulativo es un organismo de quinto dominio, Nanobiota, que puede representar estructuras filamentosas extremadamente pequeñas y similares a la vida que se encuentran en algunos minerales. Más recientemente, en 2002, algunos científicos han considerado a Archaea y Eucaryota como parte del mismo dominio, Neomura.
La división más importante en la vida generalmente se considera la que existe entre organismos procariotas (células con núcleos) y organismos eucariotas (con núcleos). Una distinción un poco menos significativa, pero aún muy importante, es la que existe entre organismos unicelulares y multicelulares, y entre plantas y animales.
Si los virus finalmente se reconocen como una forma de vida válida, entonces la división más importante sería si una forma de vida tiene una base celular o no. La posible admisión de virus en el reino de la vida se inició con el descubrimiento de Mimivirus, un virus de ADN muy grande con genes que codifican la síntesis de nucleótidos y aminoácidos, algo de lo que carecen incluso ciertas bacterias.
Otra diferencia de categoría importante es la que existe entre organismos aeróbicos (que respiran oxígeno) y anaeróbicos (sin necesidad de oxígeno). Una vez, cuando la atmósfera de la Tierra era principalmente dióxido de carbono, la Tierra estaba cubierta de organismos anaeróbicos, pero muchos de estos se extinguieron durante la Catástrofe del Oxígeno, un largo período durante el cual los organismos aeróbicos se destacaron, liberando grandes cantidades de oxígeno tóxico para los anaeróbicos. organismos. Ahora, los organismos anaeróbicos se ven con mayor frecuencia en los montones de compost.
Si alguna vez se descubre vida en otro planeta, eso representaría una división aún más fundamental en la vida. El término utilizado para referirse a los organismos de la Tierra colectivamente es Gaeabiota. A veces, el antepasado común más antiguo de la vida terrenal se llama LUCA, que significa «último antepasado común universal». Se cree que LUCA vivió hace entre 3.6 y 4.1 millones de años.