El amplio género de la escritura de misterio tiene varios subgéneros que tienen características únicas e independientes. Todos los géneros de misterio comparten al menos la comprensión parcial fundamental de lo que está sucediendo en la historia, de modo que la historia completa debe descubrirse a lo largo del libro. Algunos géneros de misterio se pueden dividir por el tipo de problema, otros por el entorno y otros por las personas que resuelven el problema. También hay ciertos subgéneros que funcionan combinando el género de misterio con otro género, como el romance. Ocasionalmente hay libros que desafían el género, pero una vez que se popularizan y se repiten tramas a menudo, los que alguna vez fueron libros sin género también se convierten en sus propios géneros.
Una de las mejores formas de categorizar los géneros de misterio es por el tipo de detective que resuelve el caso. Las novelas de investigadores privados, por ejemplo, son un subgénero de misterio popular, al igual que las novelas de investigadores aficionados. Algunas personas llegan a especificar el género de la persona que resuelve el crimen como un aspecto de género. De alguna manera, estas categorías naturalmente implican escenarios, pero en las series de novelas, el solucionador de crímenes normalmente viaja para ofrecer nuevos desafíos.
El momento y el lugar donde ocurre el misterio también se puede considerar como definitivo de un subgénero. Por ejemplo, las novelas históricas de misterio son uno de los géneros de misterio más populares. Los misterios acogedores, que son un tipo de novela muy bien definido, se definen tanto por su protagonista femenina como por su entorno pueblerino. Las historias de misterio que tienen lugar en un futuro lejano a menudo toman la forma de misterios de ciencia ficción, aunque los elementos de ciencia ficción de la historia a menudo eclipsan los elementos de misterio al definir el género del libro.
Si bien no todas las historias de misterio involucran un crimen en el sentido de que el problema estaba en contra de la ley, la mayoría involucra un tipo de problema que se aborda como un crimen. Los misterios de asesinatos y las historias de travesuras, por ejemplo, comúnmente se consideran géneros. En algunos casos, el delito en sí mismo puede no ser ilegal, como es el caso de muchos misterios infantiles que involucran delitos cometidos contra niños. Un juguete prestado o un perro perdido pueden ser el crimen en el misterio de un niño, pero los detectives de niños en las novelas resuelven con la misma frecuencia delitos mayores que desconciertan a los funcionarios de la ley local.
Finalmente, muchos géneros de misterio se dividen en términos del estilo en el que se cuenta la historia. Las novelas de detectives duras, comúnmente consideradas como historias negras, se cuentan de una manera muy diferente a los misterios románticos históricos. Las diferentes culturas también tienen diferentes convenciones para las novelas de misterio, siendo los géneros de misterio inglés y japonés algo diferentes. En muchos casos, una historia de misterio atraviesa muchos géneros y deben inventarse nuevos términos para hacer frente a los cuentos que desafían el género.