La mayor parte del océano está completamente oscuro. Esto se llama la zona afótica, y comienza a una profundidad de aproximadamente 3,000 pies (0.9 km) y continúa hasta el fondo, que generalmente alcanza un máximo a una profundidad de alrededor de 18,000 pies (5.5 km), a excepción de las fosas oceánicas, que pueden ser tan profundo como 6.8 mi (11 km). En esta zona, la fotosíntesis no puede ocurrir, por lo que la base habitual de las redes tróficas, las plantas y las cianobacterias están ausentes. En cambio, los animales tienen que subsistir con cadáveres que caen desde arriba, otros animales y, en algunos casos raros, bacterias que utilizan fuentes de energía química como sulfuros y metano. Algunos animales que viven en la zona afótica incluyen la anguila devoradora, el calamar gigante, los calamares más pequeños, el rape, el calamar vampiro y numerosas medusas.
La zona afótica se divide en dos niveles: la zona batipelágica y la zona abisopelágica. La zona batipelágica se extiende desde alrededor de 3,300 pies (1 km) por debajo de la superficie hasta 13,000 pies (4 km) por debajo. Debajo de esta se encuentra la zona abisopelágica, también llamada zona abisal, donde las presiones son extremadamente altas (400 atmósferas y más) y la biodiversidad desciende drásticamente. Debajo de esta se encuentra la zona hadopelágica, que se utiliza para referirse a las trincheras oceánicas.
Algunos de los peces más feos y de aspecto más malvado del mundo se encuentran en estas partes del océano, incluidos el pez víbora, el colmillo, el pez dragón, el pez lagarto y muchos otros. Estos peces a menudo tienen mandíbulas con bisagras, escamas negras, ojos penetrantes y dientes extremadamente afilados. La mayoría de la gente no querría encontrarse con ellos en un callejón oscuro inundado. Algunos de ellos llevan el nombre de su similitud superficial con los reptiles.
Muchos de los animales en la zona afótica son bioluminiscentes, lo que significa que pueden producir su propia luz de una forma u otra. Esto se puede utilizar tanto para navegar como para atraer animales pequeños a sus mandíbulas. El rape es probablemente el ejemplo más famoso, ya que tiene un señuelo que sobresale delante de su boca de un apéndice especial en su cabeza.
Otros peces no parecen tan malvados sino más bien como una mancha. Estos comederos de fondo incluyen el pez globo y el pez ataúd, que caminan a lo largo del fondo del mar utilizando aletas en forma de patas. En el fondo también se pueden encontrar pepinos de mar e isópodos gigantes, parientes de un pie de largo de los cochinillas. El mar profundo también tiene numerosos tiburones inusuales y raros, como el tiburón boca ancha, aclamado como uno de los descubrimientos de animales marinos más impresionantes del siglo pasado.