El ADN mitocondrial son pequeños bucles de ADN que se encuentran dentro de los orgánulos de la célula, las mitocondrias. Las mitocondrias sirven como las «plantas de energía» de la célula y se cree que son descendientes de bacterias antiguas que participaron de forma tan simbiótica con las células antiguas que se integraron en ellas como orgánulos. La gran mayoría del ADN de todos los animales se encuentra en el núcleo y se conoce como ADN nuclear, mientras que el ADN mitocondrial es el único ADN que se encuentra fuera del núcleo.
En contraste con el ADN en el núcleo, que contiene alrededor de 20,000 genes que codifican proteínas en más de 3 mil millones de pares de bases, el ADN mitocondrial es relativamente pequeño, y consta de sólo 13 genes que codifican proteínas en 15,000-17,000 pares de bases. A diferencia del ADN nuclear, que consta de ADN lineal, el ADN mitocondrial se encuentra en formato de bucle, al igual que el ADN que se encuentra en las bacterias. Los genes de las mitocondrias expresan proteínas que ayudan a construir las mitocondrias, aunque durante miles de millones de años de evolución, el ADN nuclear ha asumido gran parte de las funciones del ADN mitocondrial en la construcción de las mitocondrias.
A diferencia del ADN nuclear, que se recombina de generación en generación debido al sexo entre un hombre y una mujer, el ADN mitocondrial solo se recombina con el ADN del mismo orgánulo, lo que limita en gran medida el cambio genético. Por tanto, el único factor que introduce cambios genéticos es la mutación, más que la mutación más la recombinación, como es el caso del ADN nuclear. Esto convierte al ADN mitocondrial en un marcador genético de gran utilidad que se puede utilizar para comparar diferentes linajes, incluidos diferentes linajes humanos.
El análisis del ADN mitocondrial humano ha demostrado ser crucial para determinar la ascendencia de varios grupos humanos y los patrones de migración temprana de los seres humanos en todo el mundo. Estos estudios han apoyado la teoría de fuera de África, la teoría que afirma que la especie humana tuvo su origen en África hace unos 250,000 años y luego se extendió por todo el mundo. La principal teoría en competencia es la hipótesis multirregional, que supone que diferentes razas humanas en todo el mundo evolucionaron independientemente de los precursores homínidos. Debido a la evidencia del análisis de ADN mitocondrial, esta hipótesis se ha descartado esencialmente.