La teología presbiteriana se deriva del protestantismo y tiene sus orígenes en las enseñanzas de Juan Calvino. El principio principal que gobierna la teología presbiteriana es que la salvación viene solo por fe, no venerando imágenes y santos o orando por los muertos. Algunos de los líderes notables de la Iglesia Presbiteriana fueron John Knox en Escocia y Ulrich Zwingli y Heinrich Bullinger en Suiza.
El término «presbiteriano» deriva de presbyteros, que es la palabra griega para «anciano». La organización de la Iglesia Presbiteriana es similar a la de las iglesias protestantes que adoptaron las ideas de la Reforma Protestante en Suiza. Los sacerdotes, que son elegidos democráticamente por las comunidades cristianas locales de hombres y mujeres, administran la Iglesia Presbiteriana. También son miembros de los consejos de la Iglesia, presbiterios, sínodos, el Consejo Nacional y el Consejo Supremo.
La teología de la Iglesia Presbiteriana acepta tanto el Credo de los Apóstoles como el Credo de Nicea. Entre los énfasis de este tipo de teología están la elección divina, la soberanía de Dios, la importancia de los sacramentos y el perfecto equilibrio entre la piedad y la cultura intelectual. Incluso si esta teología se deriva de las enseñanzas de Calvino, no enseña que Dios predestinó a algunas personas a la salvación ya otras a la condenación. Los presbiterianos consideran que aunque todos los seres humanos merecen un castigo por su naturaleza pecaminosa, Dios decidió elegir un número para la salvación y dejar que los demás siguieran su propio camino.
Solo dos sacramentos instituidos por Jesús son aceptados en la teología presbiteriana: el bautismo y la Cena del Señor. Los presbiterianos creen que el bautismo es un sacramento instituido por Jesús, en el cual una persona que ingresa a la iglesia recibe un nuevo nacimiento y el perdón de los pecados. El bautismo se realiza en el nombre del Padre, del Hijo y del Espíritu Santo y solo se puede realizar una vez en la vida. El agua se usa como elemento externo del bautismo, pero la inmersión no es necesaria. La Cena del Señor conmemora el sacrificio hecho por Jesús en la cruz, y los elementos externos, el pan y el vino, simbolizan el cuerpo y la sangre de Jesús, respectivamente.
En la teología presbiteriana, la Biblia es el medio por el cual los cristianos aprenden sobre la presencia de Dios en todos los aspectos de la vida humana, desde los inicios de los tiempos hasta la actualidad. Los presbiterianos creen que la bondad eterna y el amor constante de Dios por su creación pueden entenderse al estudiar la Biblia. Los presbiterianos usan el Antiguo y el Nuevo Testamento.
Existen colegios presbiterianos en todos los países donde esta iglesia está presente. Muchos de ellos ofrecen a los niños una educación tradicional de acuerdo con los principios morales del presbiterianismo. Para las personas interesadas en obtener un título en teología, las universidades presbiterianas ofrecen cursos relacionados con la teología presbiteriana, el trabajo misionero y la consejería pastoral.