La gestación de cobayas depende del tamaño de la camada, con camadas más grandes que aumentan el tiempo de gestación de cobayas. El período promedio de gestación del conejillo de indias varía entre 59 y 72 días, y las camadas tienen entre uno y seis crías, pero son posibles hasta ocho. Algunos criadores predicen la gestación de cuyes al sentir la cantidad de crías en el estómago de la cerda. El movimiento también podría ayudar a determinar la gestación porque comienzan a patear y moverse unas tres semanas antes del parto.
Los criadores de conejillos de indias más acreditados recomiendan no reproducir hembras hasta que pesen alrededor de una libra (453 g) y tengan entre cinco y nueve meses de edad. Si se cría demasiado joven, la cerda podría no ser físicamente apta para transportar y entregar crías. También podría carecer de la madurez para cuidar a su descendencia una vez que nacen. Las cerdas más viejas, más allá de los nueve meses, tampoco deben ser criadas por primera vez. Después de los nueve meses de edad, los huesos de la cadera de una cobaya hembra pueden fusionarse, creando la necesidad de un parto por cesárea.
El proceso de parto real dura entre media hora y una hora, dependiendo del tamaño de la camada. Durante el período de gestación del conejillo de indias, la cerda no hace un nido ni se prepara para el parto. Las crías suelen nacer al amanecer o al anochecer cuando los conejillos de indias son más activos, pero la cerda generalmente no da ninguna señal de que el parto sea inminente. Comúnmente entrega un conejillo de indias cada cinco minutos más o menos.
Las hembras rompen los sacos que encierran a los recién nacidos con los dientes inmediatamente después del nacimiento para que puedan respirar solos. Después de que se entrega toda la camada, la placenta expulsa y come la placenta antes de que limpie la sangre y los desechos y lame cada nuevo conejillo de indias. Después de la mayoría de los partos de cobayas, la cerda reúne a todos los bebés en un rincón de la jaula, donde los coloca debajo de ella para mantenerlos calientes.
Los machos deben retirarse de la jaula antes de que la cerda dé a luz, porque generalmente vuelve a la temporada dentro de una hora. Otras cerdas gestantes también deben aislarse cuando la gestación del conejillo de indias esté por terminar. Cuando una cerda comienza el proceso de parto, puede causar que otros conejillos de indias preñadas se entreguen prematuramente. Cualquier estrés inusual durante la gestación del conejillo de indias también puede causar el aborto o el nacimiento prematuro de bebés nacidos muertos.
Cavies, o conejillos de indias, nacen con dientes, pelo y garras, y pueden comer alimentos sólidos en su día de nacimiento. Se alimentan aproximadamente cada dos horas, turnándose en las dos tetas de la cerda. Después del destete, que generalmente ocurre a las tres o cuatro semanas, los machos deben ser separados de las hembras porque se vuelven fértiles y se aparean con la cerda o las cavidades hembras en la camada.