Le corps humain adulte moyen compte environ 1013 cellules, environ 1600 fois plus que le nombre d’êtres humains sur Terre. On estime que pour chaque cellule du corps humain, il existe une dizaine de micro-organismes, principalement des bactéries dans le gros intestin. Ceci est possible car le volume d’une cellule bactérienne typique peut être plus de 1000 fois inférieur à celui d’une des cellules du corps.
Outre la flore bactérienne corporelle, tout le monde est également colonisé par des champignons (principalement des levures), des protistes et des archées (principalement des méthanogènes), bien que ceux-ci soient moins connus en raison de leur rareté par rapport aux bactéries. Dans le domaine de la flore corporelle macroscopique, lorsqu’ils se trouvent à l’intérieur du corps, il s’agit généralement de parasites nuisibles tels que les ténias. Cependant, certains humains peuvent avoir des milliers de flores corporelles macroscopiques dans leur peau ou leurs cheveux, souvent sous la forme d’acariens. Les scientifiques pensent qu’il pourrait y avoir jusqu’à un million d’espèces d’acariens dans le monde, adaptées à tous les environnements imaginables, y compris le corps humain.
99% des bactéries présentes dans l’intestin proviennent de 30 à 40 espèces. Les genres couramment observés comprennent Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus et Bifidobacterium. La flore bactérienne corporelle a tendance à avoir une relation symbiotique avec son hôte. Les bactéries aident à digérer les glucides complexes qui seraient indigestes autrement, favorisent la croissance des cellules intestinales, répriment les microbes pathogènes, préviennent les allergies, les maladies inflammatoires de l’intestin et jouent un rôle crucial dans le système immunitaire. La flore corporelle et le corps qu’elle occupe co-évoluent depuis des dizaines de millions d’années.
Environ 60% de la masse des matières fécales est constituée de bactéries. Certaines bactéries présentes dans les selles peuvent être pathogènes pour la personne dont elles proviennent et pour les personnes qui les entourent. Cela fait partie des raisons de l’hygiène moderne. Les bactéries propagées par les fèces comprennent E. coli et Vibrio cholerae, la bactérie qui cause le choléra.