Dans les livres Harry Potter, le Département des Mystères est un département au sein du Ministère de la Magie qui se concentre sur la recherche secrète et éventuellement le développement. On sait peu de choses sur le fonctionnement du Département des mystères au sein de la communauté des sorciers en général, ce qui rend le département analogue à d’autres départements gouvernementaux top secrets à travers le monde. Les lecteurs sont initiés au Département des Mystères dans Harry Potter et l’Ordre du Phénix.
Les employés du Département des mystères sont appelés Unspeakables. Comme les autres employés d’organisations clandestines, ils semblent mener une vie en grande partie fermée et privée, et ils ne sont ni amicaux ni extravertis avec les autres employés du ministère. Les qualifications pour être un Unspeakable sont inconnues, mais on peut supposer que les Unspeakables sont des chercheurs et des sorciers très talentueux.
Pour accéder au Département des mystères, les sorciers prennent un ascenseur du ministère jusqu’au neuvième niveau de l’immense complexe souterrain. Une seule porte s’ouvre sur une grande pièce circulaire bordée de plusieurs portes. Lorsqu’une porte est fermée, la pièce circulaire tourne, ce qui rend impossible de savoir d’où l’on vient. Dans Harry Potter et l’Ordre du Phénix, Hermione Granger utilise très intelligemment un sort pour faire de grands X flamboyants sur les portes, permettant au groupe de jeunes sorciers de garder une trace des portes qu’ils ont déjà essayées.
De nombreuses salles différentes peuvent être trouvées dans le Département des Mystères. Ils semblent être réservés à la recherche de projets complexes et de magie très poussée. Il est également possible que le Département des Mystères dissimule des objets potentiellement dangereux. Dans l’une des pièces se trouve un pouvoir à la fois plus merveilleux et plus terrible que la mort, selon Albus Dumbledore, et cette pièce est toujours fermée à clé. Certaines pièces sont explorées dans Harry Potter et l’Ordre du Phénix, le cinquième livre de la série.
L’une des pièces centrales du Département des mystères est la salle des prophéties, qui contient des prophéties archivées sur le monde sorcier, conservées dans de petites boules de verre. Les prophéties ne peuvent être réclamées que par les sorciers qui y sont impliqués. Une autre pièce contient un grand réservoir de cerveaux avec des pensées liées, tandis que l’une contient un assortiment de planètes flottant dans l’espace. Les retourneurs de temps et autres appareils liés au temps sont conservés dans une grande pièce, et ils sont en grande partie détruits pendant la bataille au ministère. Les personnages visitent également une pièce qui semble se concentrer sur la mort dans le cinquième livre, avec un voile mystérieux suspendu à une grande arche.