Os cursos on-line de microbiologia são oferecidos em vários níveis educacionais diferentes e variam muito na quantidade de trabalho necessária para concluir um curso. Os cursos também apresentam grandes diferenças de preço e qualidade. A menos que uma pessoa esteja fazendo um curso de microbiologia simplesmente pelo amor à aprendizagem, a consideração mais importante na escolha de um curso de microbiologia on-line é se o curso atenderá aos requisitos para o objetivo educacional abrangente. Na maioria dos casos, a meta educacional geral para um estudante que procura um curso de microbiologia on-line é a transferência para um programa de ciências da saúde, como enfermagem registrada, enfermagem prática licenciada ou tecnologia de laboratório.
Para minimizar os problemas com a transferência do curso, qualquer curso on-line que um aluno esteja considerando deve ser realizado em uma instituição credenciada regionalmente. Além disso, a maioria dos programas de ciências da saúde deseja que os principais cursos de ciências, como microbiologia, incluam um componente de laboratório. Isso é mais difícil, mas não impossível, de encontrar em um curso de microbiologia online. Existem certas atividades geralmente envolvidas em um laboratório de microbiologia que não estão disponíveis no ensino a distância. Por exemplo, cultivar bactérias é uma prática comum no laboratório de microbiologia, mas não é considerada uma atividade segura em casa.
Algumas escolas solucionam esse problema oferecendo apenas a parte do trabalho em classe do curso de microbiologia on-line. O aluno é obrigado a concluir o componente de laboratório em uma escola local. Isso atenua um pouco a conveniência da opção online. Outras escolas oferecem no laboratório doméstico, fornecendo microscópios de aluguel e enviando aos alunos slides pré-fixados para visualização. Essa pode ser uma escolha melhor para um aluno que não pode viajar para uma escola local, embora provavelmente aumente um pouco o preço do curso.
Outro fator que os alunos devem considerar ao escolher um curso de microbiologia on-line é o método que a escola usa para avaliar o conhecimento. Algumas escolas usam um sistema de testes on-line, geralmente programado para impedir o uso extensivo de outros materiais. Outras escolas exigem que os alunos encontrem seu próprio monitor e façam um teste on-line com um monitor. Isso pode aumentar consideravelmente a quantidade de tempo fora de casa necessária para o curso; portanto, pode não ser uma boa opção para estudantes com pouca flexibilidade em seus horários.
Finalmente, ao escolher um curso de microbiologia on-line, o aluno deve perguntar sobre o número de alunos na aula on-line. Embora uma turma grande possa ser difícil para o aluno que precisa de ajuda extra em uma sala de aula tradicional, é ainda mais um impedimento para aprender com a educação on-line. Pergunte também se o instrutor estará disponível apenas por e-mail ou telefone. Idealmente, um bom curso de microbiologia on-line fornecerá a um instrutor que o aluno possa pedir ajuda ou fazer perguntas durante o horário comercial normal.