Um componente estrutural e funcional importante do ribossomo, que constrói proteínas em uma célula, é o rRNA 16s ou o ácido nucleico ribossômico 16s. O ribossomo possui uma subunidade pequena e a subunidade grande, ambas compostas por vários tipos de rRNA e proteínas que se associam ao rRNA para ajudá-lo a funcionar com mais eficiência. A maior parte da subunidade pequena é composta por rRNA 16s. Esse RNA tem duas funções principais: estabelecer conexões apropriadas entre as subunidades e garantir que a proteína criada pelo ribossomo seja precisa. Sua estrutura e função são altamente conservadas entre tipos variados de organismos.
Os ribossomos constroem proteínas com base em um sistema semelhante a uma linha de montagem mecânica, e toda essa funcionalidade é tratada pelo rRNA 16s. O RNA contém três bolsas que, em ordem, trazem os blocos de construção das proteínas, conectam-nas à proteína em crescimento e, em seguida, ejeta as peças usadas para se preparar para a próxima conexão. Esse processo parece simples, mas é rigidamente controlado e deve ser muito preciso. Um erro em qualquer uma dessas etapas pode causar a construção incorreta de proteínas, o que pode causar muitos níveis de doença genética. Como todos os organismos dependem até certo ponto de proteínas, a importante função da construção de proteínas quase sempre depende do rRNA 16s.
A estrutura do rRNA 16s não precisa ser exatamente a mesma entre os organismos, embora sua função o faça. Entre as espécies, e mesmo dentro de um único organismo, a sequência exata de ácidos nucleicos em uma molécula de RNA específica pode variar sem prejudicar o organismo. Freqüentemente, vários locais na sequência variam, mas esse nem sempre é o caso. Essas variações são chamadas de ribotipos. Eles são de particular interesse ao estudar a ecologia e a evolução de organismos unicelulares como bactérias.
O rRNA 16s é frequentemente usado como marcador molecular, onde sua sequência e estrutura são analisadas para determinar o grau de alteração entre as espécies, particularmente as bactérias. Seus dados são frequentemente usados para construir árvores filogenéticas, que são diagramas de possíveis relações entre espécies. A alta conservação de RNA entre espécies torna as diferenças ainda mais aparentes. Os ribótipos podem ajudar ou dificultar esse tipo de pesquisa, porque podem marcar uma mudança significativa, mas também podem ser apenas uma variação de RNA específica do organismo. A pesquisa pode ser usada para prever a evolução de microrganismos ou desenvolver alvos de medicamentos para impedir que bactérias produzam proteínas de que precisam para sobreviver, por isso tem aplicações diretas à saúde humana.