As formas comuns de molho de soja disponíveis no mercado são preparadas com trigo, um ingrediente problemático para quem sofre de intolerância ao glúten e doença celíaca. Um molho de soja sem glúten usa arroz em vez de trigo para evitar a proteína do glúten, e esse ingrediente é preparado junto com soja, água e sal. A certificação de um molho de soja sem glúten garante que todos os ingredientes do molho de soja foram processados sem trigo ou outros ingredientes que contenham glúten. Quando os produtos são processados com ingredientes que contêm glúten, como trigo e centeio, pode ocorrer contaminação cruzada e apresentar problemas para quem sofre de intolerância ao glúten.
Os métodos tradicionais de preparação do molho de soja usam soja e trigo combinados com água e sal, que são engarrafados e usados como condimento comum em alimentos asiáticos. Como o trigo contém glúten, uma proteína de difícil digestão encontrada no trigo, muitas pessoas com intolerância ao glúten e doença celíaca não podem consumir o molho de soja tradicional. O molho de soja sem glúten geralmente substitui o ingrediente de trigo por arroz branco ou integral e mantém todos os outros ingredientes iguais. O arroz é naturalmente sem glúten e permite que as pessoas sensíveis ao glúten apreciem o condimento em alimentos como sushi, rolinhos primavera e vários outros pratos asiáticos.
Cada ingrediente em um molho de soja sem glúten deve ser certificado como livre de glúten por uma organização independente ou reconhecida pelo governo por sua saúde e segurança. Cada ingrediente deve ser processado em instalações com regulamentos rígidos em relação ao glúten; as instalações não devem processar quaisquer ingredientes que possam conter glúten, como trigo, cevada e centeio. Se um ingrediente em um molho de soja é processado com esses ingredientes, a proteína do glúten pode contaminar-se de forma cruzada e se ligar ao alimento naturalmente sem glúten. O processo de certificação ajuda o consumidor a escolher um molho de soja sem glúten com confiança, sabendo que cada ingrediente está livre da possibilidade de contaminação do glúten.
Um tipo de molho de soja chamado tamari geralmente é sem glúten, mas nem sempre é certificado como sem glúten e não é necessariamente livre de ingredientes que contenham glúten. É importante verificar o rótulo de cada molho de soja com cuidado para se certificar de que não contém trigo ou derivados do trigo, se estiver tentando evitar o glúten. O molho de soja orgânico também não é isento de contaminação com glúten, sendo importante sempre a leitura dos rótulos nutricionais do produto. Embora o molho de soja sem glúten seja mais seguro para quem tem intolerância ao glúten, a alta quantidade de sódio no molho de soja não significa necessariamente que seja um alimento saudável.