Às vezes, pode ser necessário que certas células do corpo sofram autodestruição programada, em um processo denominado apoptose. As células podem realizar apoptose em resposta a infecção ou dano, ou simplesmente como parte do curso geral do crescimento do tecido. Essa morte programada é ativada por uma via de transdução de sinal, desencadeada por uma proteína especial chamada ligante Fas. Outra proteína, chamada receptor Fas, existe na superfície de muitas células e é o local onde esse ligante pode atracar e induzir a resposta de autodestruição. Alterações nessa via, envolvendo a relação entre receptor e ligante, podem estar envolvidas em alguns estados da doença.
A ligação do receptor Fas permite a ativação de atividades programadas de morte celular. Os ligantes Fas contêm três áreas que devem ser anexadas às áreas correspondentes na superfície da célula para ativar esse processo. Depois que isso ocorre, o receptor Fas passa sinais para o interior da célula afetada e outras regiões proteicas denominadas domínios da morte se juntam ao ligante e ao receptor para formar um complexo. Este complexo, em seguida, ativa e libera compostos chamados caspases, matando a célula.
A função adequada do sistema imunológico depende, pelo menos em parte, da presença do receptor Fas nas células. As células infectadas e certas células imunes, chamadas linfócitos, que não são mais necessárias pelo organismo, podem ser destruídas de maneira controlada pelo processo de apoptose. Posteriormente, suas moléculas constituintes podem ser reutilizadas pelo organismo ou descartadas conforme necessário. Após o reconhecimento pelo sistema imunológico, os glóbulos brancos chamados células T usam o ligante Fas para alterar o receptor Fas nas células direcionadas à morte para uma forma ativa, com três regiões que o ligante pode reconhecer. A ligação ocorre então, para que essas células desnecessárias ou potencialmente prejudiciais possam ser eliminadas de uma maneira que geralmente não danifique as células próximas.
Certos estados de doença podem envolver a interrupção do relacionamento normal entre o receptor Fas e seu ligante. As células tumorais podem gerar quantidades anormalmente grandes da proteína ligante, que podem danificar as células próximas, produzindo mais nutrientes para o tumor, além de impedir que o sistema imunológico a prejudique. A síndrome da deficiência auto-imune (AIDS), pode causar seus efeitos na morte de glóbulos brancos através da ativação inadequada do receptor Fas nessas células. Durante a progressão da AIDS, a via da apoptose parece ser mais facilmente desencadeada, o que pode resultar de uma sensibilidade a essa ativação.