As maiores ilhas do Japão são Honshū, Shikoku, Hokkaidō e Kyūshū, que juntas representam 97% da área terrestre do Japão. Ao todo, o Japão tem mais de 3,000 ilhas. As ilhas do Japão estão ocupadas há muito tempo, desde pelo menos 35,000 aC. Durante a última Idade do Gelo, o Japão teria sido relativamente ameno, poupado das enormes geleiras que cobriam a maior parte da Europa e da Ásia na época. Hoje, as ilhas do Japão têm cerca de 127 milhões de ocupantes, tornando esta nação a décima mais populosa do mundo. O Japão possui a terceira maior economia do mundo, atrás apenas dos Estados Unidos e da China.
Honshū, a maior ilha do país, representa 61% da massa de terra e está localizada no centro do Japão, entre a ilha de Hokkaido no norte e as ilhas de Kyūshū e Shikoku no sul. Maior do que a ilha da Grã-Bretanha, Honshū tem 1,300 km (800 milhas) de comprimento e varia de 50 a 230 km (31 a 143 milhas) de largura. Honshu é uma ilha montanhosa e vulcânica com uma população de quase 100 milhões, o que a torna uma das ilhas mais populosas do mundo. A maior parte da população da ilha encontra-se nas terras baixas disponíveis, particularmente na região das planícies de Kantō. Muitas das cidades mais famosas do Japão estão na ilha, incluindo Tóquio, Yokohama, Osaka, Kyoto, Kobe e Hiroshima.
As duas principais ilhas do Japão ao sul de Honshū são Kyūshū e Shikoku, que representam 9% e 5% da área total do Japão, respectivamente. Kyūshū, localizada a oeste, tem uma população de 13 milhões, enquanto Shikoku tem uma população de 4 milhões, tornando-a a menos populosa das ilhas do Japão. Como Honshū, ambas as ilhas são altamente montanhosas. Kyūshū é conhecido por ter o vulcão mais ativo do Japão, o Monte. Aso (a 1,592 m ou 5,223 pés), enquanto Shikoku é conhecida por seus belos templos. As cidades mais importantes de Kyūshū são Nagasaki e Kagoshima. A maior cidade de Shikoku é Matsuyama, com uma população de meio milhão.
A última das principais ilhas japonesas é Hokkaidō, que representa 22% da área terrestre do Japão. Hokkaidō é a segunda maior das ilhas do Japão e está entre as mais rurais, com uma população de apenas 68 pessoas por quilômetro quadrado, em contraste com a densidade populacional de Honshū de 430 pessoas por quilômetro quadrado. Os arredores naturais de Hokkaido a tornam um destino de férias popular entre os japoneses. A capital de Hokkaidō é Sapporo, reconhecida em todo o mundo como a casa da cerveja Sapporo e a cidade-sede dos Jogos Olímpicos de Inverno de 1972. Como todas as outras ilhas do Japão, a maior parte da ilha é montanhosa e a maior parte da população pode ser encontrada nas regiões de planície do sudoeste.