Os cupcakes podem ser sobremesas pequenas e de uma porção, mas muitos deles contêm centenas de calorias e quase um terço da quantidade total de gordura que uma pessoa deve consumir em um determinado dia. Embora os cupcakes tradicionais muitas vezes não sejam saudáveis, existem muitos tipos de cupcakes saudáveis que podem ser feitos. Na maior parte, qualquer receita de cupcake pode ser modificada para fazer cupcakes saudáveis, substituindo alguns ingredientes principais, especialmente açúcar, manteiga e farinha branca refinada. Embora essas substituições dêem aos cupcakes um valor nutricional melhor e menos calorias vazias, essas sobremesas devem ser saboreadas com moderação.
Alguns cupcakes saudáveis eliminam parte ou toda a manteiga de uma receita para eliminar muitas das calorias. A compota de maçã é uma substituição comum da manteiga porque dá aos cupcakes mais doçura e umidade. O iogurte sem gordura ou com baixo teor de gordura também pode ser usado no lugar da manteiga para tornar os cupcakes mais duros e macios.
Outros tipos de cupcakes saudáveis podem usar farinha de grãos inteiros em vez de farinha branca refinada. Esse tipo de farinha, comumente usado em produtos de panificação, perdeu muitos de seus nutrientes, por isso contém um grande número de calorias em relação à quantidade de vitaminas, minerais e macronutrientes que contém. A farinha de trigo integral pode ser usada no lugar da farinha branca, embora também seja possível usar farinhas feitas de outros grãos, como quinoa, amaranto ou teff. O sabor de cada uma dessas farinhas tem um efeito significativo no sabor dos cupcakes, e o sabor de outros tipos de farinha geralmente deve ser adquirido antes que as pessoas apreciem esses tipos de cupcakes saudáveis.
Adicionar frutas e vegetais frescos à massa de cupcake também pode tornar essas sobremesas mais saudáveis. Abobrinha, cenoura, abóbora, maçã, frutas vermelhas e beterraba podem ser misturados em cupcakes para dar a essas sobremesas mais sabor e mais nutrientes. A maioria desses ingredientes precisa ser ralada para que se transformem na farinha de biscoitos saudáveis e não formem bolsões de vegetais.
Muitos cupcakes são feitos com cobertura ou recheio no meio. Na maioria das vezes, essas coberturas são feitas com muito açúcar e manteiga, que contribuem com muitas calorias sem qualquer nutrição adicional. Em cupcakes saudáveis, a cobertura pode ser feita com cream cheese com teor reduzido de gordura ou marshmallows em vez de manteiga e açúcar. A compota de fruta fresca pode ser usada em vez de recheios que são tradicionalmente muito ricos em gordura.