As taxas do agente de viagens incluem taxas pagas pelos próprios consumidores e pelos próprios agentes de viagens. Muitos agentes de viagens cobram taxas dos clientes para compensar o custo de reserva de produtos de viagem que não pagam comissão, bem como pelo tempo e despesas de realização de pesquisas de viagens ou comunicação com fornecedores para providenciar acomodações especiais. Além das taxas do consumidor, os próprios agentes de viagens podem pagar taxas na forma de comissões divididas com as agências anfitriãs, taxas de associação da agência anfitriã ou taxas de franquia. As agências também podem pagar taxas de inscrição e de processamento de cartão de crédito a organizações de viagens profissionais.
Na maioria dos casos, o agente de viagens receberá a maior parte de sua receita por meio de comissões pagas por fornecedores de serviços de viagens, como hotéis e cruzeiros. Alguns fornecedores de viagens, entretanto, não pagam comissão ao agente de viagens se ele reservar a viagem em nome de seu cliente. Como isso representa uma perda potencial para o agente, muitos cobram taxas do agente de viagens dos consumidores para cada reserva não autorizada que o agente de viagens deve fazer. Por exemplo, a maioria das companhias aéreas comerciais não paga mais comissões aos agentes de viagens, então muitas agências de viagens agora cobram uma pequena taxa de cortesia para cada passagem aérea reservada.
Espera-se que muitos consumidores paguem taxas de agente de viagens ao fazerem reservas de viagens muito complexas, principalmente se as providências exigirem uma pesquisa significativa por parte do agente de viagens. Alguns viajantes optam por visitar destinos exóticos ou planejar viagens longas para vários lugares diferentes. Esse tipo de viagem pode exigir os esforços de um agente de viagens profissional para determinar os requisitos do visto, reservar acomodações de qualidade e providenciar transporte local. Como isso pode exigir várias horas de trabalho, alguns agentes de viagens solicitarão que os consumidores paguem taxas de agente de viagens para cobrir o tempo gasto no planejamento da viagem. Além disso, os clientes também devem cobrir quaisquer despesas incorridas pelo agente de viagens durante o processo de pesquisa e reserva.
Os agentes de viagens e agências de viagens também podem ser obrigados a pagar vários tipos de taxas. Os agentes de viagens independentes freqüentemente trabalham com uma agência anfitriã que fornece suporte tecnológico, acesso a fornecedores de viagens e cobertura de responsabilidade para agentes individuais. Os agentes podem pagar uma variedade de taxas à agência anfitriã para cobrir o custo dos serviços que recebem. Esses agentes também podem ser solicitados a dividir suas comissões com a agência anfitriã. As próprias agências podem optar por participar de vários programas de certificação profissional ou se beneficiar dos serviços de processamento de cartão de crédito oferecidos por associações do setor. Em ambos os casos, a agência pagará um ou mais tipos de taxas à organização que fornece esses serviços.