Dor de garganta é um sintoma comum de alergia. Muitas pessoas sentirão dor, coceira e inchaço na garganta durante uma reação alérgica, embora a relação entre alergia e dor de garganta varie. A fonte da reação pode ser irritantes ambientais, como pólen ou mofo; nesses casos, a dor de garganta costuma ser um subproduto da congestão nasal associada ao ataque. As alergias alimentares também podem provocar uma resposta no corpo que leva a uma dor de garganta; esse tipo de reação é normalmente um resultado direto da própria reação alérgica.
As alergias e a dor de garganta costumam estar associadas à congestão que acompanha uma reação aos alérgenos ambientais. Muitas vezes, são alergias sazonais, como a febre do feno, embora outros irritantes, como pêlos de animais, fumaça de cigarro ou poluição, possam ter o mesmo efeito. Pessoas com esses tipos de alergia geralmente apresentam congestão nasal, que por sua vez leva à drenagem dos seios da face para a parte posterior da garganta. A presença constante desse gotejamento pós-nasal irrita e inflama o revestimento da garganta. Enquanto a congestão nasal persistir, o paciente normalmente continuará a ter dor de garganta; se não for tratada, a congestão crônica pode progredir para infecção, o que pode piorar ainda mais a situação.
Junto com o gotejamento pós-nasal, outros efeitos da congestão dos seios da face podem surgir de alergias e o resultado pode ser dor de garganta. Se a pessoa não conseguir respirar pelo nariz, pode ser forçada a respirar pela boca, principalmente durante o sono. A inalação de ar dessa forma pode secar a garganta, tornando-a dolorida. O excesso de muco também pode causar tosse, o que pode agravar ainda mais a garganta.
Alergias alimentares e dor de garganta também costumam estar juntas, embora, ao contrário dos agentes ambientais, seja a própria reação alérgica que geralmente causa a dor diretamente. Quando uma pessoa ingere um alimento ao qual é alérgica, os anticorpos se desenvolvem no corpo e se fixam em células chamadas mastócitos. Na próxima vez que o alimento é ingerido, ele interage com os anticorpos nos mastócitos, que por sua vez os estimulam a emitir substâncias como a histamina para atacar a ameaça percebida. Como os mastócitos são comuns no tecido da garganta e as células são expostas aos alimentos quando são engolidos, a dor de garganta costuma ser resultado desse tipo de reação.