A digestão de proteínas segue um processo muito rígido; o objetivo é dividir a proteína em componentes menores, chamados aminoácidos, que são usados para reconstruir ou substituir proteínas danificadas ou moribundas no corpo após a digestão. Existem nove aminoácidos essenciais, geralmente chamados de blocos de construção. O ato físico da digestão da proteína começa na boca, quando os alimentos que contêm a proteína são mastigados em pedaços menores. O processo químico de digestão de proteínas começa quando o alimento entra no estômago, e é essa parte do processo que permite que a proteína seja decomposta em moléculas que o corpo possa usar.
Quando o alimento entra na boca, é decomposto fisicamente pelo ato de mastigar. Alguns alimentos que contêm uma grande quantidade de proteína a ser digerida incluem carne, ovos, nozes e laticínios. A comida se mistura com a saliva na boca, o que ajuda a viajar pelo esôfago. Entre o esôfago e o estômago, há uma válvula chamada esfíncter, e quando a comida viaja através dessa válvula, inicia o processo químico de digestão de proteínas.
Durante o processo químico de digestão de proteínas, o ácido clorídrico, juntamente com as enzimas conhecidas como pepsinas, se misturam com as moléculas de proteína e quebram as ligações que mantêm as moléculas unidas. Uma vez que essas ligações são quebradas, através de um processo conhecido como hidrólise, as proteínas estão quase se tornando os aminoácidos essenciais necessários ao organismo. O processo de digestão de proteínas no estômago pode levar até quatro horas, mas há uma variedade de fatores que podem afetar a quantidade de tempo que leva.
Quando a digestão no estômago é concluída, as proteínas quase quebradas se movem através do duodeno para o intestino delgado. Neste ponto, o pâncreas termina a quebra de proteínas liberando uma enzima chamada tripsina. Uma vez concluída a decomposição final, os aminoácidos se movem através da parede do intestino delgado para pequenos capilares. A proteína digerida, ou aminoácidos, viaja pelo fígado antes de entrar na corrente sanguínea principal. Os aminoácidos viajam por todo o corpo para os órgãos que mais precisam ser reabastecidos.
Se o corpo tem muita proteína e nem tudo pode ser digerido e absorvido pela corrente sanguínea, o restante continuará pelo intestino grosso e viajará pelos rins. Nesse ponto, ele é convertido em um resíduo conhecido como uréia. É então descarregada do corpo na urina.