A ciprofloxacina é um antibiótico e mata apenas alguns tipos de bactérias. As doenças sexualmente transmissíveis (DSTs) podem ser causadas por uma variedade de infecções, das quais as bactérias constituem apenas uma parte. Das infecções bacterianas que os profissionais médicos usaram anteriormente para tratar a ciprofloxacina, algumas tornaram-se resistentes ao medicamento, portanto, outros antibióticos podem ser necessários. A partir de 2011, o cancróide e o granuloma DST inguinal principalmente tropical são considerados tratáveis com a droga.
Quando uma DST é causada por um vírus, a ciprofloxacina não é eficaz. As DSTs causadas por vírus incluem herpes genital, vírus da imunodeficiência humana (HIV) e verrugas genitais. Os vírus normalmente não respondem aos antibióticos.
Cada antibiótico também possui modos de ação específicos e, portanto, não pode atingir todas as espécies bacterianas. Por exemplo, a clamídia é causada pela bactéria Chlamydia trachomatis, que a ciprofloxacina não consegue atingir. A ciprofloxacina também é ineficaz contra o linfogranuloma vereneum, que também é causado por C. trachomatis.
Outras doenças bacterianas que a ciprofloxacina não pode tratar incluem a sífilis, onde a bactéria Treponema pallidum causa a doença. A vaginose bacteriana é outra condição, que pode ou não ser produzida por uma DST. Essa condição também normalmente não responde a um tratamento que inclua ciprofloxacina. A tricomoníase também não desaparece com a ciprofloxacina, mas, nesse caso, é porque o agente causador é um protozoário parasita e não uma bactéria.
As bactérias podem evoluir com o tempo e desenvolver mecanismos de resistência a um antibiótico, e a ciprofloxacina não é exceção. O Centers for Disease Control (CDC) nos Estados Unidos emitiu uma declaração em 1998 indicando que a ciprofloxacina era um dos tratamentos eficazes para a gonorreia, mas em 2010, a bactéria que causa a gonorreia era tão resistente a este medicamento que o CDC recomendou o uso de outro drogas, como a ceftriaxona, em vez disso.
De acordo com as recomendações do CDC de 2010 sobre as opções de tratamento de DST, a ciprofloxacina só é adequada para tratar o cancróide e uma doença que ocorre principalmente em países tropicais, chamada granuloma inguinal. No caso desta doença, a bactéria causadora é Klebsiella granulomatis. Embora a ciprofloxacina, a partir de 2011, possa tratar essas doenças, às vezes ocorrem problemas.
Com o cancróide, existem algumas cepas que são resistentes ao medicamento. Com esses casos específicos, outros medicamentos, como a azitromicina, podem ser capazes de tratar a infecção com sucesso. O granuloma inguinal também tem tendência a reaparecer, embora os tratamentos iniciais com antibióticos pareçam bem-sucedidos. Outra desvantagem do uso de ciprofloxacina para DSTs é que não é seguro para mulheres grávidas e lactantes.