Der spirituelle Weg Siddha Yoga basiert im Wesentlichen auf der Philosophie, dass die Konzentration auf das innere Selbst einen Gott näher bringen kann. Es stützt sich stark auf die spirituellen Traditionen des Kaschmir-Shaivismus und der hinduistischen Vedanta. Siddha Yoga wird von seinen Praktizierenden als individuelle Spiritualität präsentiert, die oft in einer Gemeinschaft von Glaubensbrüdern entwickelt wird. Abhängig von der individuellen Wahrnehmung der Organisation wird sie typischerweise entweder als neue religiöse Bewegung oder als Sekte bezeichnet.
Siddha Yoga ist eine Kombination aus täglicher Praxis und Lehren, die von einem Guru vermittelt werden. Die Lehren beinhalten Anweisungen zu den grundlegenden Philosophien der Selbstfindung, des Dienstes an anderen und der Einhaltung der Schrifttraditionen der Hindu-Religion. Die Praxis umfasst Meditation, Singen und das Hören von geistlicher Musik. Diese Aktivitäten werden normalerweise in Meditationszentren und auf Retreats durchgeführt, obwohl einige tägliche Aktivitäten auch zu Hause praktiziert werden können.
Ein Schüler, der neu in Siddha Yoga ist, wird normalerweise mit einer Praxis namens Shaktipat Diksha spirituell eingeweiht. Dies ist ein Prozess, bei dem der Guru einen willigen Schüler mit einer symbolischen Geste wie einer Berührung, einem Mantra oder einem heiligen Wort begrüßt. Auf diese Weise glaubt man, dass der Guru in den Geist des Schülers eingedrungen ist. Einige Anhänger der Methode haben diesen Prozess als die Aura des Gurus beschrieben, die den Schüler umhüllt.
Swami Muktananda Paramahamsa gründete Siddha Yoga in Indien unter der Leitung seines spirituellen Lehrers Bhagawan Nityananda. Er eröffnete schließlich mehrere Meditationszentren auf der ganzen Welt. Unter anderem gab es Zentren in Japan, den Vereinigten Staaten, Großbritannien, Australien und Frankreich. Die Bewegung konzentrierte sich tendenziell auf die größten Ashrams in New York und Ganeshpuri, Indien. Nach Swami Muktanandas Tod im Jahr 1982 übernahm sein Schüler Gurumavi Chidvilasanada, der ursprünglich als Malti Shetty bekannt war, die spirituelle Leitung der Siddha Yoga Bewegung.
Es gab Kontroversen über die Handlungen einiger Siddha Yoga-Gurus und der Bewegung im Allgemeinen. William Rodarmor 1983 und Lis Harris 1994 äußerten in mehreren veröffentlichten Artikeln Zweifel an der Praxis. Seit 1996 hat auch die Website Leaving Siddha Yoga eine sehr kritische Stimme gegenüber der Bewegung und ihren Führern. Zu den Vorwürfen gegen die Bewegung gehörten sexueller Missbrauch, Gedankenkontrolle sowie störende und unangemessene Machtkämpfe zwischen den Gurus und ihren Mitarbeitern. Auch in Artikeln in mehreren populären Zeitschriften gab es vor allem positive Profile der Bewegung.