Historiker sind sich einig, dass die im 19. Den genauen Grund für das Verschwinden kennt jedoch niemand genau. Viele Szenarien wurden postuliert, einige wahrscheinlicher als andere.
Die Geschichte des Rattenfängers wurde erstmals um 1300 in einem Buntglasfenster dargestellt. Der früheste schriftliche Bericht stammt aus der Mitte des 15. Jahrhunderts. Die Version der Gebrüder Grimm aus dem 1800. Jahrhundert ist den meisten Menschen bekannt, und die Volkskundler griffen für ihre Erzählung auf 11 verschiedene Quellen zurück.
In der Grimm-Version der Geschichte taucht der Rattenfänger, auch Rattenfänger genannt, inmitten eines Rattenbefalls in der Stadt Hameln auf und bietet an, die Stadt vom Ungeziefer zu befreien. Mit einer verzauberten Pfeife lockt er die Ratten in einen Fluss, wo sie alle ertrinken, aber die Stadtbewohner weigern sich, ihm wie versprochen einen Schilling pro Ratte zu zahlen. Er verlässt Hameln, kehrt aber einige Wochen später zurück, um sich zu rächen. Bei seinem zweiten Besuch in Hameln setzt der Rattenfänger seine Zauberpfeife auf die Kinder der Stadt ein, führt sie in ein Loch in einem Berg am Stadtrand und versiegelt sie darin. Nur zwei Kinder bleiben in der Stadt, eines blind und eines lahm, weil sie dem Pfeifer nicht folgen konnten.
Einige vermuten, dass die Ursache für das Verschwinden der Kinder ein Unfall einer Epidemie war. Diese Theorien machen einige der Elemente der Version der Grimm-Brüder sinnvoll, da die Versiegelung in einem Berg auf einen großen Erdrutsch oder die Ratten auf die Pest hinweisen könnte. Die europäische Epidemie des Schwarzen Todes begann jedoch erst im 14. Jahrhundert, und Ratten tauchen in Versionen der Rattenfänger-Geschichte nicht vor dem späten 16. Jahrhundert auf, sodass die Pesttheorie unwahrscheinlich ist.
Ein anderer Zweig der Seuchentheorie postuliert, dass die Kinder einer Krankheit zum Opfer fielen, die sie zum Tanzen veranlasste, wie der Huntington-Krankheit oder einer anderen Form von Chorea. Da es sich bei der Huntington-Krankheit um eine genetische Erkrankung handelt, sind jedoch nicht alle Kinder der Stadt betroffen. Es wurde auch vorgeschlagen, dass der Tanz in der Rattenfängergeschichte ein Beispiel für das weit verbreitete mittelalterliche Thema des Danse Macabre oder Tanzes des Todes ist, wobei der Pfeifer als Tod an der Spitze steht. Der Tod wurde im Mittelalter oft in bunten oder gescheckten Gewändern dargestellt.
Eine andere Theorie besagt, dass die Kinder im Rahmen einer militärischen Kampagne oder eines Kinderkreuzzugs verlassen wurden, wobei der Rattenfänger in diesem Fall ihren Anführer oder Anwerber darstellt. Dies war bis in die 1950er Jahre die am weitesten verbreitete Erklärung. Heute glauben die meisten Historiker, dass es höchstwahrscheinlich ist, dass die Kinder Hamelns in großer Zahl aufbrachen, um ihre eigenen Kolonien in Osteuropa zu gründen, wiederum mit einem Führer, der durch den Rattenfänger verkörpert wurde. Allerdings herrscht noch Uneinigkeit darüber, wo genau sie sich niedergelassen haben.
Die Geschichte der Gebrüder Grimm sowie Robert Brownings Gedicht von 1842 zu diesem Thema erzählen, dass die Kinder Hamelns die Gründer von Siebenbürgen wurden. Neuere Historiker vermuten, dass die Kinder Kolonien in Mähren, Oelmutz oder Ueckermark in Osteuropa bildeten. Ortsnamen in Gebieten östlich von Hameln sowie die Dokumentation vieler Städtegründungen um diese Zeit bestätigen diese Theorie.
Was genau 1284 in Hameln geschah, ist wahrscheinlich für immer in der Geschichte verloren gegangen, aber was auch immer es war, es scheint traumatisch genug gewesen zu sein, dass seine Zeugen die Einzelheiten bereitwillig vergessen haben. Die verschiedenen Legenden, die von der Veranstaltung inspiriert wurden, sind der einzige konkrete Rekord, den wir wahrscheinlich jemals haben werden.