Es gibt viele grundlegende Reiki-Handpositionen, und viele Positionen haben auch Abweichungen. Diese grundlegenden Reiki-Handpositionen werden auf Gesicht und Kopf, auf der Vorderseite des Körpers, auf den Knien und Füßen, dann auf dem Rücken verwendet. Jede Position wird einige Minuten lang gehalten oder bis der Praktizierende glaubt, dass es Zeit ist, zur nächsten überzugehen.
Bei der Durchführung einer vollständigen Reiki-Behandlung beginnen die Praktizierenden oft damit, dass sie hinter dem Klienten stehen und am Kopf beginnen. Der Patient liegt auf dem Rücken, meist auf einem Tisch. In der ersten Reiki-Handposition legt der Praktiker die Hände leicht auf die Stirn des Klienten und legt vorsichtig eine Hand über jedes Auge.
Für die zweite Reiki-Handposition legt der Praktizierende eine Hand auf jede Seite des Kopfes des Patienten und bedeckt sanft die Schläfen und Ohren. In der dritten Reiki-Position legt der Übende beide Hände unter den Kopf, sodass die Fingerkuppen in der Falte ruhen, in der der Kopf mit dem Hals verbunden ist. Der Experte zieht dann ganz sanft zurück und hält. Dies ist die entspannendste der Reiki-Handpositionen für den Empfänger und hilft, Verspannungen im Nacken zu lösen.
Der Praktiker bewegt die Hände, um den Kiefer und den Hals des Patienten in der vierten der Reiki-Handpositionen zu umschließen, so dass sich die Fingerspitzen unter dem Kinn berühren. Bei der fünften Handposition legt der Reiki-Spezialist eine Hand leicht auf den Nacken unter das Kinn und die andere Hand in die Brustmitte zwischen den Brüsten. In der sechsten Position bewegt sich der Übende zu einer Seite des Empfängers und legt beide Hände über den Solarplexusbereich. Für die siebte Position werden die Hände unter den Bauchnabel bewegt und über den Bauch gelegt. Die Hände werden dann nach unten bewegt, um für die achte der Reiki-Handpositionen ein leichtes „V“ über dem Genitalbereich zu bilden.
Nachdem der Reiki-Experte Kopf und Rumpf mit Reiki behandelt hat, geht er auf die Knie des Patienten. Eine Hand wird auf die Oberseite eines Knies gelegt und die andere Hand wird hinter das Knie gelegt. Sobald dieses Knie fertig ist, wiederholt der Übende die gleichen Reiki-Handpositionen auf dem anderen Knie, bevor er sich zu den Füßen bewegt. Jeder Knöchel wird abwechselnd zwischen beiden Händen gehalten und dann wird eine Handfläche gegen die Unterseite jedes Fußes gelegt. Anschließend wird der Empfänger aufgefordert, sich auf den Bauch zu drehen, damit die Reiki-Behandlung auf dem Rücken fortgesetzt werden kann.
Wenn sich der Patient umgedreht hat, hält der Arzt eine der Hände des Empfängers. Der Spezialist legt dann seine andere Hand oben auf die Wirbelsäule. Nach einer angemessenen Wartezeit wird der Praktizierende mit dieser Hand den Rücken des Klienten „gehen“ und an jedem Punkt anhalten, um Reiki-Energie an die Wirbelsäule zu senden. Die Behandlung endet, nachdem der Behandler mit beiden Händen knapp über dem Gesäß des Klienten ein „T“ geformt hat.