In Indonesien, einem Hotspot der tropischen Artenvielfalt, gibt es viele endemische Arten. Indonesien ist eine riesige Region und ein Land nördlich von Australien und südöstlich von Südostasien. Es besteht aus 17,508 Inseln, die in Archipele angeordnet sind, von denen die größten Neuguinea, Borneo, Sumatra, Sulawesi, Flores und Timor sind. Neuguinea, Borneo und Sumatra sind die zweit-, dritt- und sechstgrößte Inseln der Welt und umfassen zusammen mehr als 800,000 Quadratmeilen. Die Isolation der zahlreichen Inseln Indonesiens trägt zu ihrer Biodiversität bei, wobei sich auf jeder Insel verschiedene Arten unterscheiden und von kontinentalen Raubtieren isoliert sind.
Es gibt zwei primäre zoogeographische Zonen in Indonesien: Sundaland im Westen und Wallacea im Osten. Diese werden durch die Wallace-Linie geteilt, eine imaginäre Linie, die zwischen Borneo und Sulawesi verläuft. Westlich der Linie findet man hauptsächlich asiatische Arten, im Osten australische Arten. Insgesamt ist etwa die Hälfte Indonesiens unbewohnt, größtenteils von Regenwald bedeckt.
In Sundaland gibt es 381 einheimische Säugetierarten, von denen 173 endemisch sind. Während vergangener Eiszeiten war der Meeresspiegel in der Region niedrig genug, dass Tiere vom asiatischen Festland zu den Inseln gelangen konnten. So sind hier Tiger, Nashörner, Elefanten und Leoparden zu finden. Die bekannteste in Indonesien endemische Art, der Orang-Utan, ist auf Borneo und Sumatra zu finden, wo sie zwei verschiedene Arten darstellen. Diese orangefarbenen Menschenaffen sind hochintelligente Werkzeugnutzer, aber sie sind durch menschliche Aktivitäten und die Zerstörung von Lebensräumen gefährdet. Der wunderschöne Sumatra-Tiger, die kleinste Tigerart, ist über der Insel zu finden, wo er nur 500 Individuen zählt.
Zwei weitere in Indonesien endemische Arten sind das Sumatra- und Java-Nashorn, zwei der seltensten und am stärksten gefährdeten großen Säugetierarten der Welt. Sie werden seit langem wegen ihrer Hörner gejagt, die in der chinesischen Medizin von Wert sind. Es gibt nur etwa 300 Sumatra-Nashörner und nur 60 Java-Nashörner. Um sicherzustellen, dass diese Arten ihre Populationen zurückgewinnen, sind erhebliche Anstrengungen zur Erhaltung erforderlich. Der Prozess kann Jahrhunderte dauern.
Andere in Indonesien endemische Arten kommen in Wallacea vor, der Region östlich der Wallace-Linie. Wallacea hat 126 endemische Arten, darunter sieben Arten von Makaken, fünf Arten von Koboldmakis, die Anoa, eine seltene Untergattung von Büffeln, und die Babirusa, ein schweineähnliches Tier mit zwei geschwungenen Hörnern. Auf der Insel Neuguinea sind in Indonesien endemische Arten zu finden, wie das bizarre Goodfellow-Baumkänguru, zahlreiche Nagerarten, von denen einige einen Fuß lang sind, der schöne Papua-Nashornvogel und der berühmte Komodowaran, die größte lebende Eidechse. Da die einzigen einheimischen Plazenta-Säugetiere Fledermäuse und Mäuse sind, haben andere Arten, wie der Komodowaran, die Nischen angenommen, die sonst von großen Plazenten angenommen worden wären.