El Magisterio es un cuerpo religioso que juega mucho en las novelas de fantasía His Dark Materials de Philip Pullman. El grupo es más o menos análogo a la Iglesia católica en nuestro mundo, aunque con algunas diferencias clave.
En la historia del mundo de la Iglesia de Lyra, las cosas parecen haber ido más o menos igual que en nuestro mundo, hasta la época de Juan Calvino, quien en esta línea temporal alternativa se convirtió en Papa. Mientras que en nuestro mundo Juan Calvino fue un importante pensador protestante, que se basó en Ginebra, en el mundo de Lyra aparentemente no hubo una verdadera Reforma Protestante, y en cambio la Iglesia simplemente adoptó muchos ideales protestantes.
El Papa Juan Calvino trasladó la sede de la Iglesia a Ginebra e inició un proceso de descentralización. Cuando murió, el papado mismo fue abolido y el magisterio se convirtió en un organismo mucho más burocrático y menos centralizado. El Magisterio mantuvo un estricto control sobre la sociedad, tal vez como resultado de no tener disturbios entre las divisiones protestantes y católicas, y en la época de los libros ha mantenido el control sobre la mayor parte de la sociedad.
El Magisterio es el cuerpo político, social y religioso supremo en estos libros. Dicta lo que se puede enseñar, controla la mayoría de los gobiernos del mundo y reacciona brutalmente a la disidencia. El Magisterio es una organización claramente religiosa y tiene muchas similitudes con la Iglesia Católica durante la época de la Inquisición.
Debido a su descentralización, el Magisterio también está lleno de luchas políticas internas. Varias facciones compiten por mayores grados de poder y, a menudo, se enfrentan entre sí. Se pone de manifiesto en el libro que diferentes grupos dentro del Magisterio se están reteniendo información entre sí, con el fin de promover sus propias agendas políticas. Las tres más poderosas de estas facciones parecen ser la Junta General de Oblación, la Sociedad de la Obra del Espíritu Santo y el Tribunal Consistorial de Disciplina.
La Junta de Oblación General opera ex cathedra de muchas maneras y aparentemente no es responsable ni ante el Tribunal Consistorial de Discípulos ni ante ninguna otra organización. Su tarea principal es destruir el polvo, que se considera una manifestación física del pecado mismo. Para lograr su objetivo, se les da rienda suelta y han acumulado un poder inmenso.
El Tribunal Consistorial de Disciplina es, como su nombre indica, la rama disciplinaria del Magisterio. Investigan todas las acusaciones de herejía y tienen rienda suelta para castigar y matar como mejor les parezca. La Corte es un grupo pequeño y unido dirigido por doce sacerdotes fanáticos, que ven su trabajo como mantener puro el Magisterio.
La Sociedad de la Obra del Espíritu Santo es una rama de investigación del Magisterio. Mientras que el Tribunal Consistorial de Disciplina acusa a las personas de herejía y las castiga en consecuencia, la Sociedad de la Obra del Espíritu Santo actúa para investigar las herejías y clasificarlas en categorías. Son esencialmente una organización científica, aunque trabajan dentro de los estrictos límites de la doctrina del Magisterio. Investigan la naturaleza del polvo y de los otros universos, por ejemplo, a pesar de que estas cosas son consideradas heréticas por el propio Magisterio.
El Magisterio se presenta de manera algo diferente en los libros y en la adaptación cinematográfica del primer libro, La brújula dorada. En los libros se deja muy claro que el Magisterio es simplemente un análogo a la Iglesia Católica en nuestro mundo, aunque es una Iglesia algo más viciosa y poderosa. En la película, esta conexión se minimiza, y el Magisterio parece ser un cuerpo más ficticio, quizás para reducir el nivel de reacción de los grupos de la Iglesia.