Las células del sistema inmunológico, como las células T y las células B, tienen proteínas en su superficie que les permiten reconocer a los invasores extraños y atacarlos. Las áreas de estas proteínas pueden variar de una célula a otra, lo que les permite reaccionar a una variedad de amenazas. Ocasionalmente, se producen células T y células B que reaccionan a proteínas que son expresadas por las propias células del cuerpo, llamadas autoantígenos. La deleción clonal es un proceso que permite que estas células se neutralicen antes de que se liberen en el cuerpo, donde podrían comenzar a atacar el tejido sano.
Las células T se producen en la médula ósea, pero maduran en el timo, una glándula cercana al corazón, y las células B se producen en la médula ósea. A pesar de sus diferentes lugares de origen, ambos tipos de células utilizan un método similar de deleción clonal para garantizar que las células inmunes maduras que reaccionan a los autoantígenos no se liberen en el torrente sanguíneo. Durante el proceso de maduración, estas células entran en contacto con una gama limitada de células, como macrófagos y células dendríticas tímicas. Estas células tienen una variedad de proteínas de superficie, llamadas antígenos, que presentan a las células inmunes, de modo que las células que producen una reacción pueden eliminarse.
Para usar el timo como ejemplo, las células dendríticas tímicas utilizan un proceso de presentación que permite que las células T intenten unirse a las proteínas de la superficie para seleccionarlas para la deleción clonal. Las células T inmaduras que reaccionan a estos autoantígenos forman un complejo proteico con la célula tímica. En el caso de que se forme este complejo proteico, desencadena una secuencia de autodestrucción, llamada apoptosis, en la célula T, de modo que no madura y entra al cuerpo, donde podría potencialmente lanzar una respuesta dañina si encuentra otra célula con esa proteína.
El cuerpo contiene muchos otros tipos de células distintas de las que se observan en el timo y la médula ósea, por lo que la deleción clonal debe tener en cuenta los autoantígenos que normalmente no se encuentran en estos tejidos. El timo hace esto al tener células dendríticas tímicas que contienen proteínas de superficie que generalmente se encuentran en otros lugares, como en el tejido pancreático. La deleción clonal puede ocurrir entonces con células inmunes que normalmente reaccionarían a estas proteínas pancreáticas, y un proceso similar regula las células B que maduran en la médula. Algunas enfermedades, como la diabetes, pueden deberse en parte a que el cuerpo no presente la gama completa de antígenos corporales a las células inmunitarias en proceso de maduración, lo que permite que estas células maduren y ataquen el tejido sano.