La microbiología oral es el estudio de las bacterias, hongos y virus que colonizan la boca. Esta diminuta flora humana a menudo vive muy cerca en masas gelatinosas conocidas como biopelículas. Aunque tradicionalmente se ha considerado a cepas específicas de bacterias responsables de la patología bucal, que causan enfermedades de las encías y caries, la microbiología bucal es compleja. Las acciones y efectos de un microorganismo pueden influir en los de otro, y toda la colonia forma su propio pequeño ecosistema dentro de la cavidad bucal. Los científicos continúan aprendiendo más sobre la importancia de los diferentes tipos de microbios que se encuentran dentro de la boca sana y enferma.
El estudio de la microbiología oral se dificulta porque muchos de los microorganismos que colonizan la boca no crecerán en condiciones de laboratorio. En los últimos tiempos, los avances en la identificación de bacterias han permitido recolectar e identificar microorganismos a partir de su ADN. Esta técnica se ha utilizado en el proyecto del microbioma humano, que tiene como objetivo mapear todas las bacterias normalmente presentes en el cuerpo. Se ha establecido que el número de microorganismos diferentes en la boca asciende a más de 700.
Las interacciones entre los diferentes microorganismos pueden significar que algunos microbios produzcan factores que inhiban o promuevan el crecimiento de otros. La bacteria conocida como S. mutans, que se sabe que produce ácido que causa caries, puede ser una amenaza menor para la salud si reside cerca de una bacteria diferente que produce una sustancia alcalina. Las bacterias que tienden a ser las primeras colonizadoras de la boca tienen habilidades especiales que les permiten adherirse a los dientes y las encías, mientras que las que llegan más tarde dependen de adherirse a los primeros pobladores.
A medida que los investigadores continúan aprendiendo más sobre la microbiología oral, parece que simplemente eliminar la placa, que es la sustancia que contiene microorganismos, puede no ser la mejor respuesta a las enfermedades de las encías y los dientes. La eliminación de todos los microbios deja un espacio que luego podría ser colonizado por microorganismos más dañinos. Esto podría reemplazar una mezcla equilibrada de bacterias que pueden no haber representado una amenaza para la salud, ya que los efectos potencialmente dañinos de algunos microbios fueron neutralizados o inhibidos por otros a su alrededor.
Algunos investigadores de microbiología oral han sugerido que se podrían utilizar bacterias útiles para alterar el equilibrio de los microbios dentro de la boca. Si se pudieran introducir bacterias vivas en la cavidad bucal, lo que inhibiría el crecimiento de microbios productores de ácido y los reemplazaría sin causar daño, esto podría ayudar a reducir la caries dental. Otro método para eliminar las bacterias dañinas implicaría atacarlas con sustancias antimicrobianas. Estos estarían unidos a moléculas que solo se unen a las especies dañinas.