Os índios Zuni têm uma longa história como descendentes dos índios Pueblo do sudoeste dos Estados Unidos. As pessoas vivem na área de Zuni desde antes de 2500 aC A história dos Zuni começa com os índios Anasazi, que viveram na área de Zuni 1,000 anos antes de os primeiros europeus chegarem lá. Os índios anasazi viviam ao longo de um rio no que hoje é o oeste do Novo México e desenvolveram um sistema de agricultura irrigada e fizeram cerâmica e cestas, que os Zuni aperfeiçoaram. Por volta do ano 900, as melhorias agrícolas de Zuni geraram um ganho populacional e o assentamento se expandiu.
A partir de 1100, a tribo Zuni construiu as distintas unidades habitacionais do pueblo, semelhantes a praças, que duraram séculos. A população continuou a se expandir. Em algum momento entre 1300 e 1500, os Zuni fundaram sete cidades na região. Essas cidades ainda têm fortes laços com a história de Zuni, pois a arquitetura permaneceu praticamente inalterada.
Em 1539, o espanhol Fray Marcos de Niza veio ao vale Zuni em busca de ouro e riquezas. Fray Marcos enviou seu escravo Esteban à frente para falar com as tribos. Esteban queria mulheres turquesa e zuni das tribos; suas demandas enfureceram o Zuni, e eles o mataram. Fray Marcos voltou ao México e contou sobre as Sete Cidades de Ouro que os Zuni estavam guardando. Embora essas histórias tivessem pouca base na verdade, os espanhóis ficaram intrigados.
No ano seguinte, outro explorador chamado Francisco Vasquez de Coronado lançou um ataque às aldeias Zuni com canhões e espadachins montados a cavalo. Ele rapidamente superou os defensores Zuni e tomou posse das aldeias. Sem encontrar ouro, Coronado ocupou a área apenas brevemente antes de prosseguir para outras áreas.
Nos cem anos seguintes, os exploradores espanhóis passaram pelo vale Zuni em busca de riquezas. Uma missão católica foi estabelecida na área. Muitas das tribos da região se irritaram com o domínio espanhol e, em 1690, os índios Pueblo começaram uma rebelião combinada chamada Revolta Pueblo. Os Zunis incendiaram a missão católica, matando um frade. A tribo então recuou para uma mesa chamada Dowa Yalanne, que significa Montanha do Milho na língua Zuni.
Após 12 anos em Dowa Yalanne, os Zuni assinaram um tratado com os espanhóis e foram para o planalto. Assim começou um período de paz na história de Zuni, marcado por pouco contato com estranhos. Os Zuni abandonaram suas antigas aldeias e construíram um novo povoado chamado Zuni, ao norte do rio Zuni. As missões católicas locais caíram em ruínas.
Enquanto isso, o governo dos Estados Unidos consolidou seu território no sudoeste. Em 1850, os anciãos Zuni viajaram para Sante Fe para assinar um tratado protegendo as terras tribais. Eles construíram mais aldeias e assinaram tratados de paz com as tribos vizinhas. Em 1800, os Zuni começaram a ser ferreiro e a fazer joias; na década de 1870, a tribo havia aprendido a engastar pedras de turquesa em pulseiras, colares e anéis de prata.
Por volta da virada do século 20, várias escolas foram fundadas no vale de Zuni. A missão católica foi reaberta em 1921. Os Zuni colaboraram com os americanos para construir represas e sistemas de irrigação na área e continuaram a fazer joias: em 1945, as vendas de joias representavam 65% da receita em dinheiro da tribo Zuni.
Dos anos 1980 ao início dos anos 2000, os Zuni se envolveram em uma série de batalhas judiciais para compensar a ocupação americana de terras tribais e uma proposta de abrir uma mina de carvão perto do sagrado Lago Salgado de Zuni. Os Zuni conquistaram o controle do lago e US $ 25 milhões em indenizações. A luta para preservar a história Zuni continua enquanto a tribo mantém sua soberania e abre novas oportunidades econômicas para seu povo.