A estrutura organizacional e o desempenho compartilham um relacionamento em que o primeiro pode ditar ou pelo menos afetar a produtividade. Estruturas diferentes podem ser mais apropriadas para empresas com base no tamanho de uma entidade ou no setor em que uma empresa opera. Os funcionários geralmente se tornam um produto da estrutura organizacional praticada em uma empresa e começam a se comportar e operar de maneira a refletir e apoiar idealmente a estrutura implementada pelos empregadores.
Empresas com falta de pessoal podem exigir que os indivíduos usem muitos chapéus, ou seja, executem várias tarefas associadas e não associadas a um cargo. Pode ser para que uma empresa continue operando como se tivesse uma equipe completa, mesmo que não o seja. Este não é o caso em uma empresa que possui uma estrutura organizacional funcional.
Um ambiente funcional é aquele em que funcionários individuais recebem tarefas específicas sob a égide de uma divisão com um objetivo organizacional mais amplo. Espera-se que esses indivíduos funcionem de acordo com os parâmetros definidos. Embora possa sempre haver uma plausibilidade para o cruzamento entre divisões, à medida que os projetos surgem e os indivíduos perdem o trabalho, os papéis e funções do trabalho permanecem segregados e definidos. O elo entre estrutura organizacional e desempenho aqui é que os funcionários provavelmente se tornarão cada vez mais proficientes em seu trabalho devido à clareza e repetição atribuídas às tarefas. Além disso, os indivíduos podem ter pouco recurso se a produtividade estiver atrasada porque os objetivos são claros conforme implementados pelo empregador.
Uma pequena empresa é mais propensa a adotar uma estrutura organizacional plana. Isso se deve em parte à praticidade, pois esse tipo de ambiente é moldado por uma equipe um pouco limitada. Os funcionários geralmente trabalham sob a liderança direta do proprietário ou operador da empresa, ao contrário de serem gerenciados por executivos de departamentos ou de gerência média. Nesse cenário, a estrutura organizacional e o desempenho estão vinculados porque os funcionários sabem que a alta gerência conhece o desempenho individual. Isso poderia afetar a produtividade de uma maneira positiva e inspirar a participação dos colegas de trabalho.
Em uma estrutura organizacional matricial, há menos formalidade nas funções associadas aos cargos. As empresas que criam esse ambiente provavelmente promoverão o trabalho em equipe e a mistura de diferentes divisões de escritórios para um propósito. A estrutura e o desempenho organizacional estão vinculados nesse cenário, pois os funcionários são incentivados ou recompensados por demonstrar espírito empreendedor e criatividade ao trabalharem juntos para concluir um determinado objetivo. Conflitos podem surgir em ambientes de equipe se os funcionários resistirem a diferentes estilos de gerenciamento de indivíduos de departamentos externos.