O período de incubação do herpes se refere ao tempo que decorre entre o momento em que as pessoas ficam ou são expostas à doença e quando ela causa sintomas. Isso pode variar dependendo do indivíduo. Foi observado que algumas pessoas desenvolvem sintomas primários dentro de um ou dois dias após a exposição, mas, na outra extremidade do espectro, às vezes a condição só surge por até um mês. Na média dos casos, os expostos ao vírus herpes simplex I ou II, que causam herpes labial ou infecções genitais, têm maior probabilidade de apresentar sintomas de infecção dentro de duas semanas após contraí-la. Anedotas médicas sugerem ocasionalmente que a infecção primária não é notada ou algumas pessoas podem ter um período de dormência muito mais longo e podem não apresentar a doença até anos após a contração, mas isso é muito raro.
À medida que a infecção por herpes se acumula no corpo pela primeira vez, geralmente surge como uma infecção primária, que tende a ser mais grave do que as infecções subsequentes. Os primeiros sintomas geralmente não envolvem qualquer forma de erupção cutânea ou afta. Mulheres com herpes genital podem sentir queimação ou dificuldade para urinar. As pessoas podem sentir-se abatidas e com dores, uma leve febre pode estar presente e as glândulas frequentemente estão inchadas. Esses sintomas são seguidos pelo desenvolvimento de uma ou mais lesões, geralmente um a seis dias depois. Algumas pessoas também percebem formigamento ou dor no local da lesão.
Para a maioria das pessoas, as infecções subsequentes por herpes não são tão graves, embora ainda sejam desconfortáveis. Pessoas saudáveis com essas infecções vivem com ciclos variáveis do vírus, em que ele passa de períodos adormecidos para ativos. Em períodos ativos, o período de incubação do herpes é referido como o tempo entre os sintomas prodrômicos e o desenvolvimento das lesões. A maioria das pessoas terá alguns sintomas que anunciam a ativação da doença, como formigamento, dor ou secreção dos órgãos genitais e, para as mulheres, freqüentemente ocorre dor ou queimação ao urinar.
O período de incubação específico do herpes que não é primário, ou o tempo entre os sintomas prodrômicos e o aparecimento da lesão, também é variável. Normalmente, o tempo médio varia de alguns dias a cerca de uma semana. À medida que as pessoas ficam sabendo como são essas infecções, elas podem se tornar mais hábeis para determinar quando uma infecção ocorrerá. O vírus é eliminado durante o período prodrômico, e reconhecer seus sinais ajuda as pessoas a tomarem precauções para proteger outras da infecção.
O período de incubação do herpes no que se refere ao ciclo do vírus nem sempre é previsível e é difícil prever com que frequência o vírus se tornará ativo novamente. Freqüentemente, há expectativa de uma média de quatro infecções no primeiro ano após contrair herpes, mas o tempo específico entre as infecções pode ser variável. Além disso, muitas pessoas notam um declínio no número de infecções por ano quanto mais tempo ficam com o vírus, mas isso pode mudar se elas apresentarem problemas de saúde ou sofrerem estresse extremo.