A síndrome alcoólica fetal geralmente não pode ser curada, mas alguns de seus sintomas podem ser tratados, especialmente se detectados no início da vida. Por exemplo, defeitos cardíacos que geralmente incluem um orifício ou sopro podem ser tratados com cirurgia. Outros sintomas físicos, como perda de audição e visão, geralmente podem ser tratados com aparelhos auditivos e óculos. É claro que geralmente existem problemas mentais relacionados ao consumo de álcool durante a gravidez, como retardo, dificuldades de aprendizado e dificuldade de raciocínio. O tratamento típico para os sintomas da síndrome do álcool fetal como esses inclui aulas especiais na escola, bem como serviços sociais desde o início.
Um dos sintomas mais comuns da síndrome do álcool fetal é um defeito cardíaco. Isso pode incluir um sopro, que é uma anormalidade bastante leve que algumas crianças saudáveis também têm. Por outro lado, alguns bebês com síndrome do álcool fetal podem sofrer de defeito do septo ventricular, que descreve um orifício na parede entre os ventrículos direito e esquerdo. Outro possível problema associado à síndrome do álcool fetal é o defeito do septo atrial, no qual a parede entre as câmaras superiores não fecha. Esses defeitos podem ser resolvidos com cirurgia, mas esse tipo de tratamento para problemas de síndrome do álcool fetal é frequentemente considerado complexo e nem sempre é bem-sucedido.
Existem também outros tipos de tratamento para os sintomas físicos da síndrome do álcool fetal. Por exemplo, as orelhas podem ser deformadas no nascimento, levando à perda de audição durante a infância. Isso pode ser resolvido com aparelhos auditivos, bem como com cirurgia plástica para alterar a aparência das orelhas, se necessário. A perda de visão é outro sintoma comum desta doença, muitas vezes exigindo óculos em uma idade precoce. Embora haja tratamento para sintomas físicos da síndrome do álcool fetal como esses, alguns geralmente não podem ser corrigidos, como uma cabeça ou corpo anormalmente pequeno.
Alguns dos sintomas mais preocupantes desta doença são problemas mentais. Por exemplo, retardo mental, atrasos na fala e na linguagem e dificuldades de aprendizagem são apenas alguns dos principais problemas. Freqüentemente, isso requer anos de tratamento desde a infância, como treinamento de gerenciamento comportamental e também aconselhamento sobre como lidar com o estresse. Além disso, as crianças devem receber tratamento personalizado para a síndrome do álcool fetal assim que entrarem na escola, pois muitas vezes precisam de aulas especiais para atingir os marcos típicos para sua idade. Aulas de educação especial podem permitir que eles tenham sucesso na escola, apesar de suas dificuldades de aprendizagem, hiperatividade e incapacidade de raciocinar normalmente.