La differenza tra protozoi e metazoi è che i protozoi sono organismi unicellulari mentre i metazoi sono multicellulari. La definizione di metazoi è relativamente chiara per la maggior parte degli esempi, così come lo sono i protozoi, sebbene entrambi abbiano bordi sfocati. Il termine “protozoi” (che significa “primi animali”) si riferisce a qualsiasi organismo unicellulare di tipo animale, mentre gli organismi unicellulari di tipo vegetale sono chiamati alghe. Ma ci sono organismi che confondono le due cose: per esempio, l’alga Dinobryon ha cloroplasti, ma può anche muoversi e nutrirsi di materia organica. Molti organismi apparentemente unicellulari si dispongono anche in colonie filiformi o sferiche, come i cianobatteri o il clorofita Volvox.
Il termine “protozoo” copre fondamentalmente qualsiasi organismo unicellulare che non sia un animale, una pianta, un batterio o un fungo. Per definizione, ogni membro del regno Animalia è multicellulare e un altro nome per il regno è infatti Metazoa. Gli organismi unicellulari fotosintetici stazionari non sono protozoi in parte perché il suffisso -zoa significa animale, e questi chiaramente non sono affatto animali. I protozoi sono sempre mobili, poiché non ci sono protozoi che possono sopravvivere alimentandosi con filtri stazionari, in contrasto con i numerosi animali come spugne, coralli, cirripedi, patelle e brachiopodi che lo fanno.
I protozoi hanno dimensioni comprese tra 10 e 50 micron (milionesimi di metro), ma alcune specie raggiungono le dimensioni di 1 mm. I metazoi vanno da circa 50 micron, come nei copepodi più piccoli, alla balenottera azzurra (34 m o 111 piedi), alla medusa criniera di leone (36.5 m o 120 piedi) e al verme del laccio (55 m o 180 piedi). Il dinosauro estinto Amphicoelias fragillimus potrebbe essere stato di 60 m (197 piedi) o più. Quindi, come vediamo, i metazoi più grandi possono essere fino a un milione di volte più grandi di un tipico protozoo, sebbene la maggior parte dei metazoi sia di piccole dimensioni, meno di un mm di lunghezza. I metazoi macroscopici come gli umani sono in minoranza.
Si pensa che i metazoi si siano evoluti dai protozoi circa 600 milioni di anni fa, sebbene le prove di sistematica molecolare suggeriscano anche prima. Poiché i primi animali metazoi dovevano essere molto piccoli e costituiti solo da tessuti molli, non si sarebbero fossilizzati troppo bene, sebbene uno dei primi fossili di metazoi conosciuti, un piccolo animale sferico chiamato Vernanimalcula guizhouena, fosse una creatura morbida appena 0.1 a 0.2 mm di dimensione, appena abbastanza grande da vedere e circa la larghezza di un capello umano.