Ci sono molte specie endemiche in Indonesia, un punto caldo della biodiversità tropicale. L’Indonesia è una vasta regione e paese a nord dell’Australia e sud-est del sud-est asiatico. È composto da 17.508 isole disposte in arcipelaghi, la più grande delle quali è la Nuova Guinea, il Borneo, Sumatra, Sulawesi, Flores e Timor. La Nuova Guinea, il Borneo e il Sumatra sono rispettivamente la seconda, la terza e la sesta isola più grandi del mondo e comprendono collettivamente più di 800.000 miglia quadrate. L’isolamento delle numerose isole indonesiane contribuisce alla loro biodiversità, con diverse specie che si diversificano su ciascuna isola e sono isolate dai predatori continentali.
Esistono due zone zoogeografiche primarie in Indonesia: Sundaland a ovest e Wallacea a est. Questi sono divisi dalla Wallace Line, una linea immaginaria che corre tra Borneo e Sulawesi. Ad ovest della linea si trovano specie prevalentemente asiatiche, ad est, specie australiane. Complessivamente, circa la metà dell’Indonesia è disabitata, per lo più occupata dalla foresta pluviale.
A Sundaland ci sono 381 specie di mammiferi autoctoni, di cui 173 endemici. Durante le ere glaciali passate, il livello del mare nella zona era abbastanza basso da consentire agli animali di viaggiare dalla terraferma asiatica alle isole. Quindi, tigre, rinoceronte, elefante e leopardo possono essere trovati qui. La specie più famosa endemica dell’Indonesia, l’orangutan, si trova sul Borneo e su Sumatra, dove formano due specie separate. Queste grandi scimmie arancioni sono utenti di strumenti altamente intelligenti, ma sono minacciate dall’attività umana e dalla distruzione dell’habitat. La bellissima tigre di Sumatra, la più piccola specie di tigre, può essere trovata punti ionici sull’isola, dove conta solo 500 individui.
Altre due specie endemiche in Indonesia sono il rinoceronte di Sumatra e Javan, due delle specie di mammiferi di grandi dimensioni più rare e più minacciate al mondo. Sono stati a lungo cacciati per le loro corna, che hanno un valore nella medicina cinese. Ci sono solo circa 300 rinoceronti di Sumatra e solo 60 rinoceronti di Javan. Saranno necessari notevoli sforzi di conservazione per garantire che queste specie recuperino le loro popolazioni. Il processo potrebbe richiedere secoli.
Altre specie endemiche dell’Indonesia si trovano a Wallacea, la regione ad est della Wallace Line. La wallacea ha 126 specie endemiche, tra cui sette specie di scimmia macaco, cinque specie di tarsier, l’anoa, un raro sottogenere di bufalo e la babirusa, un animale simile a un maiale con due serie di corna ricurve. Sull’isola della Nuova Guinea ci sono specie endemiche dell’Indonesia, come il bizzarro albero-canguro di Goodfellow, numerose specie di roditori, alcune lunghe un piede, il bellissimo Hornbill papuano e il famoso drago di Komodo, la più grande lucertola vivente. Poiché gli unici mammiferi della placenta nativa sono pipistrelli e topi, altre specie, come il drago di Komodo, hanno adottato le nicchie che sarebbero state altrimenti adottate da grandi placentali.