Las reparaciones de botes de madera pueden abarcar cualquier cantidad de temas, desde sellado y pintura hasta apretar sujetadores, limpiar moho e incluso reemplazar madera. De todos los diferentes tipos de reparaciones de botes de madera realizados, pocos son tan importantes y críticos como la reparación de popa. El espejo de popa ocasionalmente se aflojará o se pudrirá, requiriendo reparación o reemplazo. Además de volver a desollar el recipiente o reemplazar la quilla, esta puede ser una de las reparaciones de bote de madera más difíciles para el principiante. La gran mayoría de las reparaciones de botes de madera se pueden completar con un mínimo de habilidad y equipo.
Dado que la madera es un material orgánico, es importante mantener su superficie limpia y libre de hongos, moho y otros contaminantes. Estos contaminantes orgánicos pueden comer en la superficie de un recipiente de madera, haciendo que la madera sea inútil e incluso peligrosa. Lavar el bote con un limpiador de calidad para botes de madera matará la mayor parte del crecimiento de la superficie. Una vez seca, se pueden realizar las reparaciones del bote de madera, como apretar los sujetadores y tornillos sueltos y aplicar un sellador a prueba de agua en la superficie del bote. Es fundamental que el sellador sea del tipo adecuado para uso en agua dulce o salada para proporcionar la protección adecuada a la madera.
En botes de madera laminada, o en botes construidos con pequeñas tiras de madera como el revestimiento de una casa, a veces se hace necesario reemplazar el calafateo entre las tiras de madera. Este tipo de reparaciones de botes de madera puede llevar mucho tiempo completarlas correctamente. Primero se debe quitar el calafateo original y preparar las tablas para recibir el nuevo calafateo. Este es el momento en que a menudo se descubre madera blanda o podrida, que requiere reparaciones de barcos de madera más intensas. Muchas veces la quilla, o la tabla central larga que corre a lo largo de la nave, se dañará al golpear rocas o simplemente se pudrirá con el tiempo y requerirá reemplazo.
Las reparaciones de quilla, así como las reparaciones de popa, a menudo es mejor dejarlas en manos de un profesional. Especialmente con una embarcación de madera con motor fueraborda, la quilla se lleva la peor parte de toda la fuerza utilizada para impulsar el bote hacia adelante. Si estas reparaciones de botes de madera no se realizan correctamente, la seguridad de las personas a bordo del barco puede estar en peligro. Al reemplazar cualquier hardware roto o faltante, como tornillos y pernos en un bote de madera, es importante que solo se use hardware de acero inoxidable o de grado marino. Esto evitará la oxidación y la falla prematura de las reparaciones del bote de madera.