Die Idee eines Steins der Weisen ist in der europäischen Mythologie weit verbreitet. JK Rowling hat die Idee eines alchemistisch geschaffenen Steins mit magischen Eigenschaften für ihre beliebte Harry-Potter-Serie übernommen. In den Harry-Potter-Büchern gibt es nur einen Stein der Weisen, der im 1400. Jahrhundert von Nicolas Flamel geschaffen wurde. Flamels Stein ist in der Lage, Gegenstände in Gold zu verwandeln und ein Lebenselixier zu produzieren, das dem Trinker Unsterblichkeit verleiht.
Der magische Gegenstand erschien zuerst in Harry Potter und der Stein der Weisen, der in den Vereinigten Staaten unter dem Titel Harry Potter und der Stein der Weisen veröffentlicht wurde. Scholastic, der amerikanische Verleger der Harry-Potter-Bücher, glaubte, dass amerikanische Leser von einem Buch über einen „Stein der Weisen“ nicht so angezogen würden. Diese Wahl wurde zusammen mit der Amerikanisierung der in den Vereinigten Staaten veröffentlichten Harry-Potter-Bücher kritisiert: Kleine Änderungen wurden in der Sprache vorgenommen, die die Charaktere aus Angst verwendeten, die Amerikaner würden sie nicht verstehen.
Der Stein der Weisen ist ein entscheidendes Element des Buches. Nicolas Flamel ist ein Freund von Albus Dumbledore, dem Schulleiter der Hogwarts-Schule für Hexerei und Zauberei. Die beiden haben an Alchemieprojekten zusammengearbeitet, vermutlich mit dem Stein der Weisen selbst, um seine Eigenschaften zu erforschen. Flamel wendet sich auch an Dumbledore, um den Stein sicher zu verwahren, und im frühen Teil des Buches wird er von Vault 713 in Gringotts nach Hogwarts verlegt, wo er als sicherer gilt.
In Zusammenarbeit mit mehreren Lehrern der Schule legt Dumbledore dem Stein der Weisen eine Reihe von Hindernissen in den Weg, um ihn zu schützen. Die Reihe verzauberter Schutzmaßnahmen soll Voldemort davon abhalten, den Stein der Weisen zu bekommen, da Dumbledore besorgt ist, dass Voldemort wieder auferstehen wird. Letztendlich ist Voldemort in der Lage, alle Schutzmechanismen außer dem letzten zu durchdringen: Dumbledore verbirgt den Stein geschickt im Spiegel von Erised, so dass nur jemand, der den Stein der Weisen finden, ihn aber nicht benutzen möchte, ihn bekommen kann.
In einer Lektion über Ziele und Motive bekommt Harry es, weil er ohne Absicht in den Spiegel schaut und sich auch erfolgreich einem Versuch von Voldemort widersetzt, den Stein der Weisen mit Gewalt zu erobern. Nach dieser Höhepunktszene wird der Stein der Weisen zerstört, um Voldemort davon abzuhalten, ihn zu erhalten, und Nicolas Flamel und seine Frau bereiten sich auf ihren Tod vor. Harry ist zunächst besorgt über die beiden, aber Dumbledore weist darauf hin, dass Flamel seit über sechshundert Jahren am Leben ist und wahrscheinlich bereit ist, „das nächste große Abenteuer“ des Todes zu verfolgen.